L'école est dirigée par un directeur et administrée par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique.

Le directeur de l'école est nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du conseil d'administration, pour une période de trois ans. Son mandat est renouvelable.

Le conseil d'administration comprend vingt-trois membres :
1° Six membres de droit :

• un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
• un représentant du ministre chargé de l'équipement ;
• un représentant du ministre chargé de la recherche ;
• un représentant du ministre chargé de la ville ;
• un représentant du Centre national de la fonction publique territoriale ;
• un représentant de la communauté urbaine de Lyon.

2° Huit représentants élus des personnels en fonction dans l'établissement :

• un représentant des professeurs des universités et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• un représentant des maîtres de conférences et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• quatre représentants des autres enseignants ;
• deux représentants des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service ;

3° Deux représentants élus des élèves.
4° Quatre personnalités extérieures nommées par les ministres représentés au conseil d'administration, choisies en raison de leurs compétences.
5° Trois personnalités étrangères désignées en raison de leurs compétences par les membres de droit et les membres élus du conseil d'administration ;

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil, au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, parmi les professeurs des universités, les maîtres de conférences, les autres enseignants et les personnalités nommées ou élues en raison de leurs compétences, appartenant au conseil. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au deuxième.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président ou à la demande du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire, à l'initiative de son président, du directeur ou à la demande de la moitié au moins de ses membres. L'ordre du jour, établi par le président en accord avec le directeur, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire et du règlement intérieur qui sont adoptés à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un procès-verbal de chaque séance, signé par le président, est adressé dans les quinze jours au ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Le directeur de l'école, le président du conseil scientifique et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le conseil d'administration peut inviter à assister aux séances avec voix consultative toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil scientifique comprend huit membres :
1° Quatre représentants élus des personnels en fonctions à l'école :

• un représentant des professeurs des universités et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• un représentant des maîtres de conférences et personnels assimilés par l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 précité ;
• deux autres enseignants.

2° Quatre personnalités extérieures nommées, en raison de leurs compétences scientifiques, par les ministres représentés au conseil d'administration.
Le conseil scientifique élit en son sein un président, dans les conditions fixées par le règlement intérieur.
Les délibérations sont acquises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.

Sont électeurs et éligibles aux conseils :

• au titre des personnels d'enseignement, dans le collège correspondant à leur grade, les professeurs des universités, les maîtres de conférences, les autres enseignants qui effectuent au moins 48 heures annuelles d'enseignement pendant l'année en cours ;
• au titre des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service, les personnels en fonctions dans l'établissement sous réserve qu'ils ne soient pas en disponibilité.

- au titre des élèves, les étudiants régulièrement inscrits en vue de la préparation du diplôme visé à l'article 4 du présent décret, les stagiaires de formation continue qui suivent une formation d'au moins cent heures pendant l'année en cours, les auditeurs, sous réserve qu'ils soient régulièrement inscrits à ce titre, et qu'ils en fassent la demande.

Le mandat des membres des conseils est de trois ans, à l'exception de celui des représentants des élèves, qui est d'un an.
Le mandat des membres élus n'est renouvelable immédiatement qu'une fois. Il cesse de plein droit lorsque ceux-ci perdent la qualité en vertu de laquelle ils ont été élus.
En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, les membres des conseils sont remplacés, pour la durée du montant restant à courir et si la vacance intervient six mois au moins avant le terme normal du mandat, dans les mêmes conditions que celles prévues à l'article 14 du présent décret, à l'exception du représentant des élèves qui est alors désigné au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.

Les représentants des personnels aux conseils sont désignés selon les modalités suivantes :
- les représentants des professeurs des universités et des maîtres de conférences sont élus au scrutin uninominal majoritaire à deux tours. En cas d'égalité des voix, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
- les représentants des autres enseignants et ceux des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service sont élus au scrutin plurinominal majoritaire à deux tours. En cas d'égalité des voix, le siège est attribué au candidat le plus âgé.
- les représentants des élèves sont élus au scrutin de liste à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon les règles de la plus forte moyenne, sans panachage, ni vote préférentiel. Les listes incomplètes ne sont pas admises.