Dans chaque école, il est créé une commission paritaire enseignants-élèves composée de membres enseignants et élèves en nombre égal. Au nombre des enseignants figure un professeur technique de l'enseignement maritime.
Lorsqu'un représentant ne peut assister à une séance de la commission paritaire, il peut donner mandat à son suppléant.
La commission élit en son sein un président et un secrétaire.
Le directeur et le directeur des études assistent de droit aux réunions de la commission paritaire enseignants élèves.
Seuls les membres élus de la commission ont voix délibérative.

Les membres de la commission paritaire sont élus à bulletins secrets, pour une année scolaire, au sein de collèges distincts pour les professeurs de l'enseignement maritime, les professeurs techniques de l'enseignement maritime et les élèves.
Les élections sont organisées par le directeur dans les quinze jours qui suivent la rentrée scolaire.

Sont électeurs et éligibles dans le collège étudiant tous les élèves régulièrement inscrits aux cours. Le nombre de représentants élèves est égal au nombre de sections d'enseignement, à raison d'un représentant titulaire et de deux représentants suppléants par section d'enseignement. Lorsque la section d'enseignement comprend plus de deux classes, le nombre de représentants titulaires est porté à deux.

Le mandat d'un représentant cesse par démission ou à la demande écrite présentée par la majorité absolue des électeurs dont le représentant tient son mandat.
Il est alors procédé à de nouvelles élections.

La commission paritaire se réunit à l'initiative de son président dans la première quinzaine de novembre, puis en fonction des questions portées à l'ordre du jour.
La commission donne son avis pour toutes les questions relatives au fonctionnement intérieur de l'école, tant sur le plan de l'enseignement que sur le plan administratif et financier.
Elle peut également demander la transmission à la Commission nationale de l'enseignement maritime de toutes questions relatives au contenu des programmes, au contrôle des connaissances et au déroulement général des études.

La Commission nationale de l'enseignement maritime comprend :
1° L'inspecteur général de l'enseignement maritime, président ;
2° Six enseignants et six élèves, élus par chaque commission paritaire. Les deux écoles dont l'effectif d'élèves éligibles est le plus élevé à la rentrée scolaire désignent un représentant supplémentaire des élèves ainsi que le professeur technique de l'enseignement maritime faisant partie de la commission paritaire.
Il est élu des suppléants en nombre égal aux titulaires ;
3° Un professeur général de l'enseignement maritime, vice-président ;
Un adjoint de l'inspecteur général de l'enseignement maritime ;
L'officier de marine et le représentant du ministre de l'éducation nationale qui siègent au comité spécialisé de la formation professionnelle maritime ;
Deux représentants de l'administration centrale de la marine marchande.

La Commission nationale de l'enseignement maritime :
1° Coordonne les actions des commissions paritaires ;
2° Prend connaissance de toutes questions posées au plan national par les commissions paritaires enseignants élèves ;
3° Peut être consultée par le ministre chargé de la marine marchande pour toute autre question particulière.

La Commission nationale de l'enseignement maritime se réunit au moins une fois par année scolaire à l'initiative de son président.
Le président fixe l'ordre du jour qui contient obligatoirement les questions posées par les commissions paritaires, dans la mesure où ces questions relèvent de la compétence de la Commission nationale.