Le médecin des armées est libre de ses prescriptions mais il doit cependant les limiter à ce qui est nécessaire à l'efficacité du traitement. Sans négliger son devoir d'assistance morale, il ne doit pas, sauf circonstances exceptionnelles, entreprendre et poursuivre un traitement qu'il ne sent pas en mesure de mener à son terme avec une sécurité suffisante pour le malade.

Il appartient au médecin des armées, s'il ne dispose pas, en raison de la mission assignée au service médical de son unité, des moyens d'investigation ou de thérapeutique nécessaires au diagnostique et au traitement du malade placé sous sa responsabilité, de diriger celui-ci en temps utile soit sur un hôpital des armées, soit sur un hôpital civil ou militaire désigné par la malade, si celui-ci est libre d'exercer son choix, soit en cas de force majeure sur un établissement de soin le plus proche.

Aucun acte médical de nature à porter atteinte à l'intégrité corporelle ne peut être pratiqué sans motif très sérieux et, sauf cas d'urgence ou de force majeure, qu'après en avoir informé les intéressés, ou, le cas échéant, leurs représentants légaux, et avoir obtenu leur consentement.
Aucun prélèvement d'organe ne peut être pratiqué, si ce n'est dans les cas et les conditions prévus par la loi.

Le médecin des armées ne peut percevoir d'honoraires, sauf conventions administratives particulières le prévoyant expressément ; il doit assurer son service de manière désintéressée, se refusant à toute commission, tout compérage ou partage.

Le médecin des armées doit s'assurer qu'il dispose d'une installation et de moyens techniques lui permettant de remplir convenablement sa mission ; si les conditions qui lui sont faites à cet égard risquent de compromettre la qualité des actes médicaux et des soins qu'il dispense, il doit en informer aussitôt les autorités hiérarchiques et techniques dont il relève, tout en consacrant ses efforts à l'amélioration de ces moyens et à la poursuite de sa mission.

Le médecin des armées a le souci permanent de préserver le niveau des effectifs ; à cet effet, il doit pas prononcer des décisions tendant à encourager l'absentéisme pour raisons médicales.

L'exercice de la médecine au sein des armées comporte la rédaction par le médecin des divers certificats, attestations ou documents dont la réglementation en vigueur prescrit l'établissement. Tout certificat, attestation ou document délivré par un médecin doit mentionner son nom, son grade, sa fonction et comporter sa signature manuscrite. Lorsque des indications d'ordre médical y sont portées, ces documents sont couverts par le secret médical.

La délivrance d'une pièce ou l'établissement d'un rapport dont l'argumentation ou les conclusions sont volontairement inexactes constitue une faute professionnelle grave.

Dans ses ordonnances, le médecin des armées ne doit faire état que des indications suivantes :
- le titre de docteur, les nom, prénoms et grade ;
- les titres conférés et les fonctions confiées par décision du ministre de la défense

• la qualification qui lui aura été reconnue dans les conditions de droit commun par les autorités habilitées ;
• l'adresse du lieu d'exercice.

Dans tous les autres cas, le médecin des armées se conforme aux règles de la correspondance militaire.

Le médecin des armées peut être tenu, à la demande du commandement, de contrôler ou d'expertiser un malade.
Ces dispositions s'appliquent aussi bien au personnel qu'il soigne lui-même qu'à celui qui est traité par un praticien civil ou un autre médecin des armées en vertu du libre choix. Dans le premier de ces cas, il n'existe pas d'incompatibilité entre les fonctions de médecin traitant et celles de médecin expert d'un même malade, sous réserve des dispositions régissant la protection du secret médical.