Les taux de la taxe sur les marchandises déchargées, chargées ou transbordées à l'intérieur des limites de la circonscription du port autonome de Paris sont fixés soit au poids, soit à l'unité.
Pour les transbordements entre navire de mer et bateau fluvial, la seule taxe pouvant être perçue est celle fixée en application de la législation sur les droits de port applicables aux navires de mer.

Des réductions peuvent être accordées par l'arrêté qui fixe les taux de la taxe sur les marchandises ;
Aux marchandises chargées ou rechargées ;
Aux marchandises transbordées, celles-ci ne payant qu'une seule fois la taxe ;
Aux marchandises déchargées, chargées ou transbordées dans certaines parties de la circonscription du port autonome de Paris ; Aux marchandises chargées puis déchargées à l'intérieur de cette circonscription.

Sont exonérés de la taxe sur les marchandises :
Les matériaux employés au lestage ou provenant du délestage des bateaux ou convois et ne donnant lieu à aucune opération commerciale ;
Les produits livrés à l'avitaillement, au gréement ou à l'armement des bateaux ou convois ;
Les marchandises appartenant à l'Etat ou au port autonome et transportées sur des bateaux de service des administrations de l'Etat ou du port autonome ;
Les bagages et véhicules de tourisme, objets et animaux appartenant aux équipages et au personnel en service sur les bateaux ou convois ;
Les marchandises mises à terre temporairement et rechargées sur le même bateau ou convoi en continuation du transport ou, en cas de force majeure, concernant le premier bateau ou convoi, sur un bateau ou convoi différent ;
Le matériel déchargé des bateaux ou convois pour réparation ou nettoyage ;
Les bagages et approvisionnement accompagnant les passagers ;
La tare des cadres, containers, palettes, remorques ou semi-remorques, transportés en charge ou à vide.