La comptabilité des caisses mutuelles régionales doit permettre de suivre distinctement les opérations relatives :
Aux prestations obligatoires de l'assurance maladie et maternité et au fonds de réserve correspondant ;
Aux prestations particulières et au fonds de réserve correspondant ;
Aux dépenses de l'assurance volontaire ;
A la gestion administrative et au contrôle médical ;
A l'action sanitaire et sociale.

Les dépenses et les recettes concernant respectivement la gestion administrative et le fonds d'action sanitaire et sociale donnent lieu à l'établissement de budgets annuels.
Les dépenses du contrôle médical sont inscrites au budget de la gestion administrative.

Les recettes du fonds d'action sanitaire et sociale géré par chaque caisse mutuelle régionale sont constituées par :
Une fraction fixée par l'arrêté interministériel prévu à l'article 25 de la loi susvisée du 12 juillet 1966 de la dotation annuelle qui lui est allouée au titre des prestations obligatoires et, éventuellement, de celle qu'elle reçoit au titre des prestations particulières ;
Une fraction des excédents de son compte des prestations obligatoires et, éventuellement, de son compte des prestations particulières déterminées dans les conditions prévues aux articles 23 et 26 de la loi du 12 juillet 1966 ;
Une fraction déterminée dans les conditions fixées à l'article 13 ci-après de l'excédent du fonds de gestion administrative ;
Une fraction déterminée dans les conditions fixées à l'article 21 ci-après du produit des placements et des intérêts créditeurs des comptes de dépôt.

Si, à la fin d'un exercice, le compte de gestion administrative d'une caisse présente un excédent, ce dernier est affecté pour partie au compte d'action sanitaire et sociale de la caisse intéressée et pour partie au fonds national de gestion administrative mentionnée à l'article 1er du présent décret dans les conditions fixées par l'arrêté du ministre chargé des affaires sociales et du ministre de l'économie et des finances.

Lorsque, à la fin d'un exercice, le compte de gestion administrative présente un déficit, la caisse nationale, au vu des explications fournies par la caisse mutuelle régionale et des observations formulées par le directeur régional de la sécurité sociale, examine les causes du déficit, arrête les mesures propres à assurer le redressement et fixe le délai dans lequel ces mesures doivent être prises.
En vue de la couverture du déficit la caisse nationale peut soit accorder des avances remboursables à la caisse mutuelle régionale intéressée, soit décider l'affectation de tout ou partie des excédents du fonds d'action sanitaire et sociale de la caisse mutuelle régionale à l'apurement du déficit du compte des gestion administrative.