Le président exerce l'autorité sur les services de la commission.
Le secrétariat de la commission assure, sous l'autorité de son président, la coordination des travaux nécessaires à la réalisation des évaluations prévues dans le programme de travail, à leur visibilité et au suivi de la mise en œuvre des recommandations adoptées par la commission. Il prépare les réunions des deux collèges et de la formation plénière de la commission.
Il est dirigé par un secrétaire général, magistrat de la Cour des comptes, désigné par le premier président de la Cour des comptes, assisté, le cas échéant, d'un secrétaire général adjoint et d'agents administratifs, désignés par le président. Les membres du secrétariat peuvent assister aux réunions de la commission.
Un règlement intérieur, adopté par la formation plénière de la commission, sur proposition de son président, précise les règles de fonctionnement applicables au sein de la commission, et notamment les conditions dans lesquelles des rapporteurs et experts peuvent être mandatés. Il détermine les conditions dans lesquelles son président peut déléguer ses attributions ainsi que les pouvoirs propres qui peuvent lui être reconnus.