Le président de la Commission nationale des comptes de campagne et des financements politiques reçoit une rémunération annuelle égale au traitement afférent à un emploi supérieur de l'Etat classé hors échelle E2 correspondant à l'indice majoré 1324, assortie d'une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre de l'intérieur et des ministres chargés de la fonction publique et du budget.
Le vice-président perçoit une indemnité forfaitaire mensuelle.