Placé auprès du ministre chargé de l'intelligence artificielle et du numérique, le secrétariat du Conseil de l'intelligence artificielle et du numérique est assuré par la direction générale des entreprises qui prend en charge ses frais de fonctionnement.

Les co-présidents disposent du secrétariat, qui les assiste dans l'organisation, la préparation et la mise en œuvre des travaux et des réunions du conseil.