L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend douze membres :

1° Cinq membres de droit :

a) Le directeur général des patrimoines et de l'architecture et de l'architecture ou son représentant ;

b) Le responsable du service des musées de France à la direction générale des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;

c) Le sous-directeur des collections du service des musées de France à la direction générale des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;

d) Le président de l'Etablissement public de la Réunion des musées nationaux et du Grand Palais des Champs-Elysées ou son représentant ;

e) Le président de l'Etablissement public du musée d'Orsay et du musée de l'Orangerie-Valéry Giscard d'Estaing ou son représentant ;

2° Un représentant de la famille du donateur du musée national Jean-Jacques Henner, nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition des ayants-droit ;

3° Cinq personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, dont un membre de l'Académie des beaux-arts ou un professeur de l'Ecole nationale supérieure des beaux-arts, nommées par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture et de l'architecture. Parmi ces personnalités figure notamment un artiste peintre ;

4° Un représentant du personnel élu au sein de l'établissement. Cette élection intervient dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture.

Pour chacun des membres mentionnés aux 2° et 4°, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que le titulaire.

Le président du conseil d'administration de l'établissement est nommé, par arrêté du ministre chargé de la culture pour une période de trois ans renouvelable deux fois, sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture, parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 8.

Lorsque le président atteint au cours de son mandat la limite d'âge qui lui est applicable, il exerce ses fonctions jusqu'à la fin du mandat en cours.

En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par le directeur de l'établissement. Le conseil d'administration élit alors en son sein un président de séance parmi les personnalités mentionnées au 3° de l'article 8.

Le représentant élu du personnel et son suppléant au conseil d'administration bénéficient d'un crédit de cinq jours par an qu'ils se répartissent pour l'exercice de leur mission.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour pour assister au conseil d'administration peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les membres du conseil d'administration, autres que les membres de droit, sont nommés ou élus pour une durée de trois ans renouvelable.
Toute vacance pour quelque cause que ce soit ou perte de la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés, survenant plus de six mois avant le terme normal du mandat, donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an à l'initiative de son président. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la culture ou du quart de ses membres.
Les membres du conseil d'administration mentionnés au 3° de l'article 8 peuvent donner, par écrit, mandat à un autre membre afin de les représenter à une séance. Chaque membre ne peut recevoir qu'un seul mandat.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents ou représentés. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur de l'établissement, le secrétaire général, le conservateur du musée national Jean-Jacques Henner, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° La politique scientifique et culturelle de l'établissement, notamment sa programmation culturelle et les projets scientifiques et culturels des deux musées, dans le cadre des orientations fixées par l'Etat, ainsi que la politique de prêt et d'acquisition de l'établissement ;
2° Le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article 4 et le rapport annuel de performance qui rend compte chaque année de son exécution ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° La politique tarifaire de l'établissement. Il fixe les droits d'entrée et les tarifs des prestations annexes ;
5° Le budget et ses modifications dans les conditions prévues à l'article 14 ;
6° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
7° La programmation des travaux ;
8° L'acceptation ou le refus des dons et legs autres que ceux consistant en œuvres destinées à prendre place dans les collections des musées ;
9° Les projets de conventions d'utilisation des immeubles conclues en application de l'article 7 ;
10° Les concessions, les autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public et les délégations de service public ;
11° Les créations de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public ou à des associations ;
12° Les catégories de contrats et de conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation et celles dont il délègue la responsabilité au directeur de l'établissement ;
13° Les projets d'achats d'immeubles, de prise à bail, de ventes et de baux d'immeubles ;
14° Les conditions dans lesquelles les espaces des musées sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles ;
15° L'exercice des actions en justice et les transactions ;
16° Les conditions de rémunération des agents contractuels ;
17° Le règlement intérieur de l'établissement et les règlements de visite des deux musées.
Le conseil d'administration peut, dans les limites qu'il détermine, déléguer les compétences prévues aux 8°, 10°,12°,14° et 15° au directeur de l'établissement.
Le directeur de l'établissement rend compte des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation dès la séance qui leur fait suite.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture, s'il n'a pas fait d'observations dans ce délai.
Les délibérations relatives au 10° de l'article 13 deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé du budget, si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observations dans ce délai. Celles relatives au 16° du même article deviennent exécutoires dans les mêmes conditions, mais dans un délai d'un mois.
Les délibérations relatives aux 11° et 13° du même article doivent pour devenir exécutoires faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de la culture et du budget.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier, mentionnées respectivement aux 5° et 6° de l'article 13 sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture pour une durée de trois ans renouvelable deux fois.
Il dirige l'Etablissement public du musée national Jean-Jacques Henner et du musée national Gustave Moreau.
A ce titre, le directeur de l'établissement :
1° Arrête l'ordre du jour des réunions du conseil d'administration, prépare ses délibérations et en assure l'exécution ;
2° Propose et met en œuvre la politique scientifique et culturelle de l'établissement et rend compte de son exécution au conseil d'administration ;
3° Est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Signe les contrats et conventions engageant l'établissement ;
5° Peut créer des régies d'avances et des régies de recettes ;
6° Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
7° A autorité sur l'ensemble des services et des personnels de l'établissement, gère le personnel, recrute les personnels contractuels, donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours et affecte les personnels dans les différents services de l'établissement.
Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer, dans les limites qu'il détermine, sa signature au secrétaire général de l'établissement ainsi qu'au conservateur du musée national Jean-Jacques Henner.

Le directeur de l'établissement exerce, en sus des attributions décrites à l'article 15, la responsabilité scientifique et culturelle du musée national Gustave Moreau. Il est assisté du conservateur du musée national Jean-Jacques Henner qui assure, sous son autorité, la responsabilité scientifique et culturelle de ce musée.
Le directeur de l'établissement et le conservateur du musée national Jean-Jacques Henner sont nommés parmi les membres du corps de la conservation des musées de France et les fonctionnaires détachés dans ce corps, par application des dispositions de l'article L. 442-8 du code du patrimoine et du décret du 30 décembre 1986 susvisé.
Le conservateur du musée national Jean-Jacques Henner est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur de l'établissement.

Le secrétaire général de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur de l'établissement. Placé sous l'autorité du directeur de l'établissement, il est chargé de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du directeur de l'établissement et du conseil d'administration.