L'établissement est administré par un conseil d'administration qui comprend douze membres :
1° Cinq membres de droit :
a) Le directeur général des patrimoines ou son représentant ;
b) Le responsable du service des musées de France à la direction générale des patrimoines ou son représentant ;
c) Le sous-directeur des collections du service des musées de France à la direction générale des patrimoines ou son représentant ;
d) Le président de l'Etablissement public de la Réunion des musées nationaux et du Grand Palais des Champs-Elysées ou son représentant ;
e) Le président de l'Etablissement public du musée d'Orsay et du musée de l'Orangerie ou son représentant ;
2° Un représentant de la famille du donateur du musée national Jean-Jacques Henner, nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition des ayants-droit ;
3° Cinq personnalités choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, dont un membre de l'Académie des beaux-arts ou un professeur de l'Ecole nationale supérieure des beaux-arts, nommées par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur général des patrimoines. Parmi ces personnalités figure notamment un artiste peintre ;
4° Un représentant du personnel élu au sein de l'établissement. Cette élection intervient dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture.
Pour chacun des membres mentionnés aux 2° et 4°, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que le titulaire.