Le CEA est soumis au contrôle de l'Etat selon les mêmes modalités que celles prévues aux articles 1er à 6 du décret du 9 août 1953 susvisé.
Le contrôle financier spécifique sur l'établissement, prévu à l'article L. 332-6 du code de la recherche, est exercé par une mission de contrôle relevant du service du contrôle général économique et financier, conformément aux objectifs énoncés au I de l'article 5 du décret du 26 mai 1955 susvisé et selon les mêmes modalités que celles énoncées aux articles 6 à 12 de ce décret.
Cette mission de contrôle est composée d'un chef de mission et de trois membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'économie parmi les agents des corps d'inspection et de contrôle de l'Etat.
Ses rapports sont communiqués à l'administrateur général et adressés aux ministres mentionnés à l'article 1er et au ministre chargé du budget.
Les comptes annuels et, le cas échéant, consolidés et le bilan annuel du CEA sont présentés à la mission de contrôle.