L'établissement est soumis aux dispositions du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Les recettes de l'établissement comprennent notamment :
1° Les subventions, avances ou contributions qui lui sont attribuées par l'Etat et, le cas échéant, par les collectivités territoriales, les organismes publics ou privés, ainsi que les recettes de mécénat ;
2° Les revenus tirés de la gestion du patrimoine de l'établissement, comportant principalement les redevances d'occupation, les charges et les sommes nécessaires aux réparations locatives versées par les occupants des logements ainsi que les produits issus de la vente des biens domaniaux dans les conditions prévues par la loi ;
3° Les produits issus du versement de la mise de Masse ;
4° Les revenus de ses biens meubles et toutes autres recettes provenant de ses activités ;
5° La rémunération des services rendus ;
6° Le remboursement des participations, avances ou réservations ;
7° Le produit des aliénations ;
8° Le montant des emprunts contractés ou des avances qui lui sont consenties ;
9° Les dons et legs ;
10° Les produits des placements, dans les conditions déterminées par l'article 197 du décret du 7 novembre 2012 susvisé.

Les dépenses de l'établissement comprennent notamment :
1° Les dépenses d'investissement, en particulier celles concernant l'acquisition, la réservation ou l'échange de biens immobiliers et celles relatives à la construction ou à la réalisation de réparations ou de travaux d'amélioration ;
2° Les loyers et charges diverses pour les logements à usage d'habitation pris à bail auprès de tiers ;
3° Les dépenses exceptionnelles liées à sa mission ;
4° Les frais de fonctionnement, d'entretien et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement ;
5° Les rémunérations de ses agents contractuels ;
6° Les frais de déplacement des agents de l'établissement, dans les conditions fixées par le décret du 3 juillet 2006 susvisé ;
7° Les impôts locaux, les taxes locales et autres impositions ;
8° Les remboursements d'emprunts.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé des douanes et du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est assisté par des agents de l'Etat, dans les conditions prévues par l'article 3 du présent décret.
La direction générale des douanes et droits indirects fournit à l'agence comptable les locaux ainsi que les moyens matériels et informatiques nécessaires à l'exercice de son activité, conformément aux dispositions prévues par l'article 5 du présent décret.
L'agent comptable peut déléguer sa signature à ses collaborateurs.

Sans préjudice des contrôles prévus par le décret du 7 novembre 2012 susvisé, l'établissement comporte une commission d'audit et de vérification des comptes chargée :
1° De veiller à la régularité des opérations de gestion et comptables ;
2° D'assurer l'audit interne des procédures des services ordonnateurs et comptables incluant le système de contrôle de gestion.
Sa composition et son organisation sont déterminées par un règlement adopté par le conseil d'administration.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.