Le comité directeur comprend cinq membres :
a) Le chef d'état-major des armées ou son représentant ;
b) Le directeur général de la sécurité civile et de la gestion des crises ou son représentant ;
c) Le directeur général de la police nationale ou son représentant ;
d) Le directeur général de la gendarmerie nationale ou son représentant ;
e) Le directeur général de la santé ou son représentant.
Le président du comité directeur est choisi par ses membres en son sein pour une durée de trois ans. Il relève du ministère de la défense lorsque le directeur du centre est issu du ministère de l'intérieur et du ministère de l'intérieur lorsque le directeur du centre est issu du ministère de la défense.
Le directeur et le directeur adjoint du centre assistent aux séances avec voix consultative.