Les articles 9 à 14 du décret du 8 juin 2006 susvisé sont applicables au fonctionnement de la commission.
La commission peut procéder à l'audition de toute personne extérieure de nature à éclairer ses délibérations, y compris les candidats auxquels il peut être demandé une offre complémentaire.
Les avis de la commission sont transmis au ministre chargé des transports et au ministre de la défense.