L'ENSAM est dirigée par un directeur général assisté de directeurs généraux adjoints et d'un comité de direction. Elle est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique, d'un conseil des études et de la vie à l'école et d'un conseil territorial.
Elle est composée de centres d'enseignement et de recherche. Elle comprend en outre des départements, des unités de recherche et des services communs.

Le directeur général est nommé pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française et sur avis du conseil d'administration. Il est choisi parmi les personnes ayant vocation à enseigner à l'ENSAM.
Chaque candidat à la fonction de directeur général présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Le directeur général ne peut assurer les fonctions de direction d'un centre d'enseignement et de recherche, sauf suppléance pour une période qui ne saurait excéder six mois et dans des conditions prévues par le règlement intérieur.
Le directeur général peut rester en fonction jusqu'au 31 août suivant la date à laquelle il a atteint l'âge de soixante-huit ans.

Le directeur général exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation, à l'exception de la présidence du conseil d'administration, et les textes pris pour son application. Il nomme seul les différents jurys. Pour l'application des dispositions du 10° du même article, le directeur général installe, sur proposition du conseil d'administration, une mission " égalité entre les hommes et les femmes ".

Il nomme les directeurs généraux adjoints, dont un directeur adjoint chargé de la recherche et un directeur adjoint chargé des études, et les directeurs de centre d'enseignement et de recherche selon les modalités prévues par le règlement intérieur. Il préside le comité de direction dont il nomme les membres. En sont membres de droit les deux directeurs généraux adjoints susmentionnés et les directeurs de centre.

Les membres du comité de direction ne peuvent pas assurer de fonction élective au sein de l'ENSAM. Leur mandat cesse de plein droit lorsqu'ils sont nommés au comité de direction.

Le directeur général peut déléguer sa signature au directeur général des services, aux membres du comité de direction, aux agents de catégorie A ainsi que, pour les affaires intéressant les centres, à leurs responsables respectifs.

Le conseil d'administration comprend :

1° Deux membres de droit :

A.-Le président de la Société des ingénieurs arts et métiers, ou son représentant ;

B.-Le président de la Fondation arts et métiers, ou son représentant.

2° Des membres élus répartis comme suit :

A. ― Neuf représentants des personnels enseignants, enseignants-chercheurs et chercheurs, répartis dans les trois collèges ci-dessous :

a) Quatre représentants du collège des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation ;
b) Trois représentants du collège des maîtres de conférences et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation ;
c) Deux représentants du collège des autres personnels enseignants.
La répartition des sièges entre ces trois collèges peut être modifiée par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur en fonction de l'évolution des effectifs des personnels qui les composent.

B. ― Trois représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service.

C. ― Trois représentants des élèves qui préparent le titre d'ingénieur par la voie universitaire au sens de l'article L. 335-5 du code de l'éducation ;

D.-Un représentant des doctorants ;

E.-Deux représentants des autres usagers.

3° Dix personnalités extérieures à l'établissement, désignées dans les conditions prévues par les articles L. 719-3 , D. 719-47-1 à D. 719-47-4 du code de l'éducation comme suit :

A.-Une par un organisme de recherche ;

B.-Deux par un établissement d'enseignement supérieur dont un établissement étranger ;

C.-Une par une entreprise employant au moins cinq cents salariés ;

D.-Six personnalités qualifiées françaises ou étrangères, choisies en raison de leur compétence dans les domaines définis à l'article 3.

Les organismes, établissements et entreprises mentionnés aux A, B et C et les personnalités qualifiées mentionnées au D sont désignés, après avis des membres élus du conseil, sur proposition du directeur général, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Le directeur général assiste au conseil d'administration.

Le conseil d'administration élit en son sein pour une durée de cinq ans un président choisi parmi les membres mentionnés au 3°. Il élit également un vice-président choisi parmi les membres mentionnés au A et au B du 2°. Les modalités de ces élections sont fixées par le règlement intérieur.

Le conseil d'administration exerce les attributions confiées au conseil d'administration des universités par le IV de l'article L. 712-3 du code de l'éducation. Pour l'application des dispositions du 8° du même article, le conseil d'administration délibère sur toutes les questions que lui soumet le président. Pour l'application des dispositions du 9° du même article, le conseil d'administration adopte le schéma directeur pluriannuel en matière de politique du handicap. Chaque année le directeur général lui présente un rapport d'exécution de ce schéma, assorti d'indicateurs de résultats et de suivi.

Il délibère, en outre, sur les règles relatives aux examens.

Il peut déléguer certaines de ses compétences au directeur général dans les conditions fixées par cet article.

Dans le respect des dispositions statutaires applicables aux enseignants-chercheurs, le conseil d'administration en formation restreinte aux enseignants-chercheurs se réunit comme organe compétent, au sens de l'article L. 952-6 du code de l'éducation, pour l'examen des questions individuelles relatives au recrutement, à l'affectation et à la carrière des enseignants-chercheurs. Il délibère sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche

Le conseil scientifique, composé de vingt-quatre à trente membres, comprend :
1° Des membres de droit :
A. ― Le directeur général de l'ENSAM, président.
B. ― Le directeur général adjoint chargé de la recherche, vice-président.
C. ― Les directeurs des centres d'enseignement et de recherche.
D. ― Le président de la Fondation arts et métiers.
2° Des personnalités extérieures qualifiées, françaises ou étrangères, désignées par le directeur général en raison de leurs compétences scientifiques.
3° De représentants d'institutions partenaires, choisis par le directeur général après avis des autres membres du conseil scientifique.
4° D'au minimum un tiers de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs et personnels techniques de recherche, des usagers dont une majorité inscrite en formation doctorale à l'ENSAM. Les représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l' article D. 719-4 du code de l'éducation constituent au moins un quart des représentants élus. Il en est de même pour les représentants élus des autres enseignants-chercheurs.

Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.

Il est consulté sur :

1° Les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique ainsi que sur la répartition des crédits de recherche ;

2° Les demandes d'accréditation ;

3° Les conventions avec les organismes de recherche, le bilan des activités de recherche des laboratoires et des actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique ;

4° La qualification à donner aux emplois d'enseignants-chercheurs.

Il peut émettre des vœux.

Il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique des activités de l'établissement en s'appuyant sur des évaluations institutionnelles extérieures, françaises et internationales, notamment celle du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.

Dans le respect des dispositions statutaires applicables aux enseignants-chercheurs, le conseil scientifique en formation restreinte aux enseignants-chercheurs donne un avis sur les mutations des enseignants-chercheurs, sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs, sur la titularisation des maîtres de conférences stagiaires et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.

Le conseil des études et de la vie à l'école comprend de vingt-six à trente-deux membres. Il est composé :
1° De membres de droit :
A. ― Le directeur général de l'ENSAM, président.
B. ― Le directeur général adjoint chargé des études et de la formation, vice-président.
C. ― Les directeurs des centres d'enseignement et de recherche.
D. ― Le président de la Société des ingénieurs arts et métiers.
2° De personnalités extérieures qualifiées, françaises ou étrangères, désignées par le directeur général en raison de leurs compétences pédagogiques.
3° Majoritairement de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service, des usagers dont au moins deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l' article D. 719-4 du code de l'éducation et deux représentants des autres enseignants-chercheurs.

Le conseil des études et de la vie à l'école est consulté sur :

1° L'orientation générale des formations initiales et continues ;

2° Les demandes d'accréditation à délivrer des diplômes nationaux et sur l'évaluation des enseignements ;

3° Les mesures destinées à favoriser les activités culturelles, sportives, sociales ou associatives offertes aux usagers ;

4° L'action sociale en faveur des usagers, la politique de santé, la gestion du handicap et sur les mesures de nature à améliorer les conditions de travail des usagers, notamment sur les mesures relatives aux activités de soutien et aux œuvres universitaires et scolaires.

Il peut émettre des vœux.

Le conseil territorial donne des avis sur la politique territoriale, sur les implantations des activités scientifiques et pédagogiques et sur les relations structurelles avec les partenaires locaux.

Le conseil territorial comprend, outre le directeur général qui le préside, les présidents des conseils de centre d'enseignement et de recherche et leurs directeurs, ou leurs représentants, ainsi qu'un représentant de chaque région dans laquelle est implanté un centre.

Il peut être consulté par le directeur général, ou le conseil d'administration de l'école.

Le directeur général présente les travaux du conseil territorial au conseil d'administration au moins une fois par an.

Les centres d'enseignement et de recherche sont créés ou supprimés par délibération du conseil d'administration. Toute création ou suppression est préalablement inscrite dans le contrat pluriannuel d'établissement.
Chacun des centres d'enseignement et de recherche est dirigé par un directeur, assisté d'un conseil de centre.

Le directeur d'un centre d'enseignement et de recherche est chargé de la mise en œuvre dans le centre de la politique d'activité de l'établissement. Il représente le directeur général.
A ce titre :
1° Il veille au bon fonctionnement du centre dans le respect du règlement intérieur ;
2° Il est responsable de l'ordre et de la sécurité dans les enceintes et locaux du centre et y dispose du pouvoir de police à l'intérieur ;
3° Il présente chaque année un projet et un rapport d'activité au conseil de centre ;
4° Il est responsable de la gestion de la résidence et du restaurant universitaire lorsqu'il en existe dans le centre.

Le conseil de chaque centre d'enseignement et de recherche est composé au maximum de seize membres comprenant, en nombre égal, des représentants élus et des personnalités extérieures.
Les représentants élus comprennent au moins 30 % d'enseignants-chercheurs, auxquels s'ajoutent des représentants d'autres personnels enseignants, des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service et des usagers.
Les personnalités extérieures sont désignées, sur proposition du directeur de centre, par les membres élus du conseil.
Le conseil de centre élit son président parmi les personnalités extérieures et son vice-président parmi les représentants élus des personnels.
Les modalités de ces désignations sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.

Chaque conseil de centre peut être consulté sur l'organisation et le fonctionnement du centre d'enseignement et de recherche à la demande du directeur du centre. Il peut également émettre des vœux.

Les départements, unités de recherche et services communs sont créés par délibération du conseil d'administration. Leurs missions et les modalités de nomination de leurs responsables ainsi que leurs règles de fonctionnement et d'organisation sont précisées par le règlement intérieur de l'établissement.