Sous réserve des dispositions de l'article 86, en cas de maladie dûment constatée et mettant le fonctionnaire dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, celui-ci est de droit mis en congé de maladie, dont la durée totale peut atteindre un an pendant une période de douze mois consécutifs.

Pour bénéficier d'un congé de maladie ainsi que de son renouvellement, le fonctionnaire doit obligatoirement et au plus tard dans un délai de quarante-huit heures adresser à l'autorité dont il relève un certificat d'arrêt de travail. Ce certificat doit préciser l'adresse exacte du domicile de l'intéressé.
L'autorité de nomination ou d'emploi peut faire procéder à tout moment à la contre-visite du demandeur par un médecin agréé. Le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, à cette contre-visite.
Le comité médical peut être saisi, soit par l'autorité de nomination ou d'emploi, soit par l'intéressé, des conclusions du médecin agréé.

Sous réserve des dispositions du deuxième alinéa, la commission de réforme est obligatoirement consultée dans tous les cas où un fonctionnaire demande le bénéfice des dispositions du deuxième alinéa du 2° de l'article 54 de l'ordonnance du 4 janvier 2005 susvisée. Le dossier qui lui est soumis doit comprendre un rapport écrit du médecin du service de médecine professionnelle.
Lorsque l'autorité dont relève le fonctionnaire est amenée à se prononcer sur l'imputabilité au service d'une maladie ou d'un accident, elle peut, en tant que de besoin, consulter un médecin agréé.
La commission de réforme n'est pas consultée lorsque l'imputabilité au service d'une maladie ou d'un accident est reconnue par l'autorité dont relève le fonctionnaire. La commission de réforme peut, en tant que de besoin, demander à l'autorité dont relève le fonctionnaire de lui communiquer les décisions reconnaissant l'imputabilité.

Lorsque le fonctionnaire a bénéficié d'un congé pour maladie ou accident de service d'une durée supérieure à vingt jours, le médecin du service de la médecine professionnelle est obligatoirement consulté par l'autorité dont il relève pour vérifier s'il est apte à reprendre son service.

Lorsque, à l'expiration de la première période de six mois consécutifs de congé de maladie, le fonctionnaire est inapte à reprendre son service, le médecin du service de la médecine professionnelle est saisi pour avis par l'autorité de nomination de toute demande de prolongation de ce congé dans la limite des six mois restant à courir.

Lorsque le fonctionnaire a obtenu pendant une période de douze mois consécutifs des congés de maladie d'une durée totale de douze mois, il ne peut, à l'expiration de sa dernière période de congé, reprendre son service sans l'avis favorable du médecin du service de la médecine professionnelle. En cas d'avis défavorable, il est soit mis en disponibilité, soit reclassé dans un autre emploi, soit, s'il est reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis de la commission de réforme et du médecin conseil de la caisse de prévoyance sociale de la Polynésie française.

Le fonctionnaire qui, à l'expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé l'emploi qui lui est assigné peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.