L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre. Le collège arrête le budget chaque année avant le début de l'exercice. Le budget comporte la prévision des recettes attendues et des dépenses nécessitées par l'exercice des missions confiées à l'Autorité. Il peut être modifié en cours d'année. Les crédits inscrits au budget n'ont pas de caractère limitatif. Les délibérations relatives au budget et ses modifications sont exécutoires de plein droit.

L'Autorité est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement, dans les conditions prévues à l'article 60 de la loi de finances pour 1963 n° 63-156 du 23 février 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article L. 2132-12 du code des transports susvisée, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.
Avec l'accord du président, l'agent comptable peut confier sous son contrôle la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'Autorité.
L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président.

Les comptes de l'Autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet des adaptations nécessaires après approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé des transports.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier est préparé par l'agent comptable. Il est arrêté par l'Autorité. Il est transmis à la Cour des comptes par le président de l'Autorité, accompagné des délibérations relatives au budget, à ses modifications et au compte financier et de tout autre document demandé par les ministres ou par la Cour dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.

L'agent comptable est tenu de faire diligence pour assurer le recouvrement de toutes les ressources de l'Autorité. Les recettes sont recouvrées par l'agent comptable soit spontanément, soit en exécution des instructions du président. A l'exception du produit du droit fixé à l'article L. 2132-13 du code des transports susvisée, l'agent comptable adresse aux débiteurs les factures correspondantes et reçoit leurs règlements. Tous les droits acquis au cours d'un exercice doivent être pris en compte au titre de cet exercice.

Lorsque les créances de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires autres que les droits et contributions mentionnés à l'article L. 2132-12 du code des transports susvisée n'ont pu être recouvrées à l'amiable, les poursuites sont conduites conformément aux usages du commerce ou peuvent faire l'objet d'états rendus exécutoires par le président. Les états exécutoires peuvent être notifiés aux débiteurs par lettre recommandée avec accusé de réception. Leur recouvrement est poursuivi jusqu'à opposition devant la juridiction compétente.

L'agent comptable procède aux poursuites. Celles-ci peuvent, à tout moment, être suspendues sur ordre écrit du président si la créance est l'objet d'un litige. Le président suspend également les poursuites si, en accord avec l'agent comptable, il estime que la créance est irrécouvrable ou que l'octroi d'un délai par l'agent comptable est conforme à l'intérêt de l'autorité.
Le président peut décider, après l'avis conforme de l'agent comptable :
1° En cas de gêne des débiteurs, d'accorder une remise gracieuse des créances de l'Autorité, sauf pour le reversement du droit fixé à l'article L. 2132-13 du code des transports susvisée ;
2° Une admission en non-valeur des créances de l'Autorité, en cas d'irrécouvrabilité avérée ou d'insolvabilité des débiteurs.
Le collège fixe le montant au-delà duquel la remise mentionnée au 1° est soumise à son approbation.
Lorsque la remise gracieuse, totale ou partielle, concerne une dette de l'agent comptable, l'avis prévu par l'article 9 du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés est rendu par le collège.

L'agent comptable est tenu d'exercer :
1° En matière de recettes, le contrôle :
― de l'autorisation de percevoir les recettes ;
― de la mise en recouvrement des créances et de la régularité des réductions et des annulations des ordres de recettes, dans la limite des éléments dont il dispose ;
2° En matière de dépenses, le contrôle :
― de la qualité de l'ordonnateur ou de son délégué ;
― de la disponibilité des crédits ;
― de l'exacte imputation des dépenses aux chapitres qu'elles concernent selon leur nature ou leur objet ;
― de la validité de la créance dans les conditions prévues au 4° ;
― du caractère libératoire du règlement ;
3° En matière de patrimoine, le contrôle :
― de la conservation des droits, privilèges et hypothèques ;
― de la conservation des biens dont il tient la comptabilité matière ;
4° En ce qui concerne la validité de la créance, le contrôle :
― de la justification du service fait et de l'exactitude des calculs de liquidation ;
― de l'application des règles de prescription et de déchéance.

L'agent comptable suspend le paiement des dépenses lorsqu'il constate, à l'occasion de l'exercice de ses contrôles, des irrégularités ou que les certifications délivrées par le président sont inexactes. Il en informe le président.
Lorsque l'agent comptable a suspendu le paiement des dépenses, le président peut, par écrit et sous sa responsabilité, requérir l'agent comptable de payer. L'agent comptable défère à la réquisition et rend compte au ministre chargé du budget, qui transmet l'ordre de réquisition à la Cour des comptes.
Par dérogation aux dispositions du deuxième alinéa ci-dessus, l'agent comptable doit refuser de déférer à l'ordre de réquisition lorsque la suspension du paiement est motivée par :
1° L'absence de justification du service fait ;
2° Le caractère non libératoire du règlement ;
3° Le manque de fonds disponibles.
Dans les cas de refus de la réquisition, l'agent comptable rend immédiatement compte au ministre chargé du budget.

Toutes les dépenses sont liquidées et ordonnancées au cours de l'exercice auquel elles se rattachent. Les dépenses de l'Autorité sont réglées par l'agent comptable sur l'ordre donné par le président ou après avoir été acceptées par ce dernier. Les ordres de dépenses sont appuyés des pièces justificatives nécessaires, et notamment des factures, mémoires, marchés, baux ou conventions. L'acceptation de la dépense revêt la forme soit d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, soit d'un certificat séparé d'exécution de service, l'une ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.
L'agent comptable peut payer sans ordonnancement préalable certaines catégories de dépenses dans les conditions prévues par le règlement comptable et financier.

La liste des pièces justificatives de recettes et de dépenses est fixée par le règlement comptable et financier sur proposition de l'agent comptable. En cas de perte, destruction ou vol des justifications remises à l'agent comptable, le ministre chargé du budget peut autoriser ce dernier à pourvoir à leur remplacement. Les pièces justificatives sont conservées dans les archives de l'agent comptable pendant dix ans au moins à partir de la date de clôture de l'exercice auquel elles se rapportent.

Les comptes de l'agent comptable de l'Autorité sont jugés directement par la Cour des comptes. Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est également assuré par le receveur général des finances.

Des régies d'avances ou de recettes peuvent être créées auprès de l'Autorité par décision du président sur avis conforme de l'agent comptable, dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 susvisé.

Les fonds de l'Autorité sont déposés et placés dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.