L'agent comptable procède aux poursuites. Celles-ci peuvent, à tout moment, être suspendues sur ordre écrit du président si la créance est l'objet d'un litige. Le président suspend également les poursuites si, en accord avec l'agent comptable, il estime que la créance est irrécouvrable ou que l'octroi d'un délai par l'agent comptable est conforme à l'intérêt de l'autorité.
Le président peut décider, après l'avis conforme de l'agent comptable :
1° En cas de gêne des débiteurs, d'accorder une remise gracieuse des créances de l'Autorité, sauf pour le reversement du droit fixé à l'article L. 2132-13 du code des transports susvisée ;
2° Une admission en non-valeur des créances de l'Autorité, en cas d'irrécouvrabilité avérée ou d'insolvabilité des débiteurs.
Le collège fixe le montant au-delà duquel la remise mentionnée au 1° est soumise à son approbation.
Lorsque la remise gracieuse, totale ou partielle, concerne une dette de l'agent comptable, l'avis prévu par l'article 9 du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés est rendu par le collège.