Le président de l'établissement est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de la culture pour un mandat de trois ans renouvelable deux fois. Il préside le conseil d'administration et dirige l'établissement.

Le conseil d'administration comprend, outre le président de l'établissement, quatorze membres :
1° Cinq représentants de l'Etat :

― le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
― le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
― le chef du service des musées de France ou son représentant
― le directeur du budget ou son représentant ;
― le préfet de Seine-et-Marne ou son représentant ;

2° Trois personnalités choisies en raison de leur compétence ou de leurs fonctions, dont une en raison de sa connaissance des publics des musées nationaux, désignées par arrêté du ministre chargé de la culture ;

3° Deux membres des corps des conservateurs généraux ou des conservateurs du patrimoine, désignés par arrêté du ministre chargé de la culture, l'un parmi les conservateurs du musée du château de Fontainebleau, l'autre parmi les conservateurs du patrimoine de la spécialité monuments historiques ;

4° Deux représentants du personnel élus dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture ;

5° Le maire de Fontainebleau ou son représentant ;

6° Le président du conseil départemental de Seine-et-Marne ou son représentant.

Les représentants élus du personnel au conseil d'administration bénéficient chacun d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de leur mission.
Les autres membres du conseil d'administration, à l'exception du président, exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'établissement pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services, ni assurer des prestations pour ces entreprises. A l'exception du président, des conservateurs et des représentants du personnel, ils ne peuvent prêter leur concours à titre onéreux à l'établissement.

Les membres du conseil d'administration autres que les représentants de l'Etat et les membres mentionnés aux 5° et 6° de l'article 10 sont nommés ou élus pour trois ans.
Toute vacance, pour quelque cause que ce soit, ou perte de la qualité au titre de laquelle les membres du conseil ont été désignés donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.
Pour chacun des membres du conseil d'administration mentionnés aux 3° et 4° de l'article 10, un suppléant est nommé ou élu dans les mêmes conditions que le titulaire.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an à l'initiative du président. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la culture ou à celle de la majorité de ses membres, qui, dans ce cas, proposent l'ordre du jour de la séance.

En cas de vacance, d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par l'administrateur général. Le conseil d'administration est alors présidé par le secrétaire général du ministère chargé de la culture.

Le directeur du patrimoine et des collections, l'administrateur général de l'établissement, le contrôleur budgétaire ainsi que l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

Le directeur régional des affaires culturelles d'Ile-de-France assiste également aux séances avec voix consultative.

Le président peut appeler à participer aux séances toute personne dont il juge la présence utile.

Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres ou de leurs représentants ou suppléants sont présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.

Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement.
Il délibère notamment sur :
1° La politique scientifique et culturelle de l'établissement, dans le cadre des orientations fixées par l'Etat ; il approuve notamment le projet scientifique et culturel de l'établissement proposé par le directeur du patrimoine et des collections, la politique d'acquisition des biens culturels destinés à faire partie des collections du musée, le programme des expositions temporaires ainsi que les orientations de la programmation des autres activités culturelles ;
2° Le projet de contrat pluriannuel mentionné à l'article 3 et, chaque année, le rapport de performance ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° La politique tarifaire de l'établissement, les tarifs des prestations annexes ainsi que, par dérogation aux articles L. 30 et R. 55 du code du domaine de l'Etat, les redevances dues à raison des autorisations temporaires d'occupation des immeubles mentionnés au premier alinéa de l'article 8 ;
5° Le budget et ses modifications dans les conditions prévues à l'article 15 ci-après ;
6° La programmation des travaux proposée par le comité mentionné à l'article 8 ;
7° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
8° L'acceptation ou le refus des dons et legs autres que ceux consistant en œuvres destinées à prendre place dans les collections du musée ;
9° Les concessions, les autorisations d'occupation et d'exploitation du domaine public, les délégations de service public et les conventions d'association passées en application du deuxième alinéa de l'article 6 ;
10° La conclusion d'emprunts, les prises, extensions et cessions de participation et les créations de filiales ainsi que la participation à des groupements d'intérêt public, à des établissements publics de coopération culturelle ou à des associations ;
11° Les catégories de contrats et conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation et celles dont il délègue la responsabilité au président ;
12° Les projets d'achats d'immeubles, de prises de bail, de ventes et de baux d'immeubles ;
13° Les conditions générales dans lesquelles les espaces du musée ou de son domaine sont occupés par des organismes extérieurs, après avis du conseil scientifique ;
14° Le règlement intérieur et le règlement de visite de l'établissement ;
15° Les actions en justice et les transactions ;
16° Les conditions générales d'emploi et de rémunération des agents contractuels ;
17° Les conventions passées par l'établissement avec l'Etablissement public de la Réunion des musées nationaux et du Grand Palais des Champs-Elysées en application de l'article 7.
Le conseil d'administration peut déléguer au président certaines de ses attributions, prévues aux 8°, 9° et 15°, dans les conditions qu'il détermine. Le président rend compte des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation dès la séance qui leur fait suite.
En cas d'urgence, les délibérations mentionnées au 12° en ce qui concerne les baux d'immeubles peuvent être prises après consultation écrite des membres du conseil d'administration. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux alinéas suivants deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture s'il n'a pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions du président prises par délégation du conseil d'administration en application de l'article 14, sous réserve, pour les décisions relatives aux transactions, de l'accord préalable de l'autorité chargée du contrôle financier.

Les délibérations relatives aux 4° et 9° de l'article 14 deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture et le ministre chargé du budget si aucun d'entre eux n'a fait connaître d'observations dans ce délai. Celles relatives au 16° du même article deviennent exécutoires sous les mêmes conditions, mais dans un délai d'un mois.

Pour devenir exécutoires, les délibérations relatives aux 1°, 10°, 12° et 17° de l'article 14 doivent faire l'objet d'une approbation expresse du ministre chargé de la culture ; celles relatives aux 10° et 12° du même article doivent faire en outre l'objet d'une approbation expresse du ministre chargé du budget.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le président de l'Etablissement public du château de Fontainebleau dirige l'établissement public.
A ce titre :
1° Il arrête l'ordre du jour des réunions du conseil d'administration, prépare ses délibérations et en assure l'exécution ;
2° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
3° Il peut créer des régies d'avances et des régies de recettes sur avis conforme de l'agent comptable ;
4° Il peut, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, prendre, en accord avec le contrôleur budgétaire, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement du niveau des effectifs du personnel permanent ou du montant total des dépenses, ni réduction du montant total des recettes. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de la première séance qui suit leur adoption ;
5° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
6° Il a autorité sur l'ensemble des services et des personnels de l'établissement. Il gère le personnel, notamment il recrute les personnels contractuels. Il donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours. Il affecte les personnels dans les différents services de l'établissement ;
7° Il préside le comité social d'administration et le comité d'hygiène et de sécurité ;
8° Il accorde les concessions de logement après avoir recueilli les avis de la commission des logements de l'établissement et du représentant de l'Etat chargé des domaines et sans autre formalité ;
9° Il signe les contrats et conventions engageant l'établissement ;
10° Il conclut les transactions et passe les actes d'acquisition, d'échanges et de vente concernant les immeubles, autorisés dans les conditions prévues à l'article 14 ;
11° Il décide, au nom du ministre chargé de la culture, des acquisitions réalisées dans les conditions prévues à l'article 4 ; sous réserve des dispositions des articles L. 1121-2 et L. 1121-3 du code général de la propriété des personnes publiques, il accepte les dons et legs faits pour les acquisitions ;
12° Il fixe les droits d'entrée dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration.
Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.

Sauf en ce qui concerne les actes visés au 1° de l'article 16, le président peut déléguer sa signature à l'administrateur général et aux responsables des services de l'établissement et, en cas d'empêchement de ceux-ci, aux autres agents placés sous son autorité.
En cas de vacance ou d'empêchement du président, pour quelque cause que ce soit, les fonctions d'ordonnateur sont provisoirement exercées par l'administrateur général pour l'exécution courante des recettes et des dépenses de l'établissement.

L'administrateur général est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président de l'établissement.
Il est chargé, sous l'autorité de ce dernier, de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du président et du conseil d'administration. Il prépare et exécute le budget et assure la gestion administrative et financière de l'établissement.
Il peut recevoir du président toute délégation pour assurer la direction des services de l'établissement.

Le directeur du patrimoine et des collections de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture et du président de l'établissement, parmi les membres des corps des conservateurs généraux et des conservateurs du patrimoine. Son mandat est de trois ans.

Il est responsable de la conservation, de la protection, de la restauration, de la gestion, de la mise en valeur et de la présentation au public des collections inscrites sur les inventaires du Musée national du château de Fontainebleau, ainsi que de l'étude scientifique desdites collections et de l'architecture des bâtiments, des parcs et des jardins définis à l'article 1er. Il propose notamment le programme des expositions.

Il est créé un conseil scientifique de l'établissement, présidé par le directeur du patrimoine et des collections. Ce conseil est créé pour une durée indéterminée.

Il comprend, outre son président :

1° Les conservateurs du musée et du domaine ;

2° Le chef du service des musées de France ou son représentant ;

3° Le chef de la délégation à l'inspection, à la recherche et à l'innovation ou son représentant ;

4° Les responsables des services d'action culturelle et de documentation de l'établissement ;

5° Trois personnalités qualifiées nommées pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du directeur général des patrimoines et de l'architecture.

En cas de vacance d'un siège de personnalité qualifiée, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir, sauf si la vacance intervient moins de six mois avant l'échéance du mandat.

Le conseil scientifique est consulté sur les questions scientifiques et muséologiques, notamment celles relatives aux choix de l'établissement en matière de restauration et de conservation de son patrimoine historique, ainsi que sur les grandes orientations de la politique culturelle et patrimoniale de l'établissement avant qu'elles ne soient soumises au conseil d'administration. Il émet un avis sur la politique de valorisation du patrimoine immatériel et matériel confié à la garde de l'établissement, ou dont il a la propriété, et sur les conditions dans lesquelles les espaces du musée sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles ainsi que sur toute autre question qui lui est soumise par le conseil d'administration, le président de l'établissement ou le directeur du patrimoine et des collections.

Il est également consulté sur les projets d'acquisitions de biens culturels prévues à l'article 4, sur les changements d'affectation mentionnés à l'article 5, sur les prêts et dépôts des biens culturels et des collections dont l'établissement a la garde et sur les programmes relatifs aux expositions. Dans tous les cas prévus au présent alinéa, il siège dans une formation restreinte aux conservateurs du musée.

Le président du conseil scientifique peut inviter à assister aux séances toute personne dont il juge la présence utile.

Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour.

Le président de l'établissement approuve les questions soumises au conseil scientifique. Il est tenu informé de la teneur de ses avis et peut assister à ses séances.