Les missions du Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux sont réalisées conformément aux principes définis par une charte de déontologie répondant aux normes internationalement reconnues en matière d'audit interne des organisations publiques et approuvée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Cette charte est élaborée par un comité de déontologie, composé de personnalités qualifiées non membres du conseil général.

La composition du comité, les règles de sa saisine et de son fonctionnement sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Ce comité formule tous avis et recommandations relatifs à l'application de la charte.

Il établit un rapport annuel qui est rendu public.