Les organismes de contrôle périodique sont agréés par arrêté du ministre chargé des installations classées. L'arrêté est publié au Journal officiel.
L'arrêté d'agrément mentionne les rubriques de la Nomenclature des installations classées pour lesquelles l'organisme de contrôle périodique est compétent.
Pour le contrôle des installations visées par le décret du 15 octobre 1980 susvisé, les organismes de contrôle périodique doivent en outre, s'il y a lieu, être habilités en application des articles 7 et 8 du décret du 17 juillet 1998 susvisé.

L'organisme qui souhaite obtenir l'agrément adresse au ministre chargé des installations classées une demande dont le contenu est défini par arrêté de ce ministre.

L'agrément peut être retiré par arrêté du ministre chargé des installations classées, si l'organisme de contrôle périodique ne remplit pas ses obligations, s'il cesse de remplir l'une des conditions qui ont présidé à la délivrance de l'agrément ou s'il a fait l'objet d'une sanction au titre de l'article 12, après que le représentant de l'organisme de contrôle périodique a été invité à présenter ses observations.

Ne peuvent être agréés que les organismes qui sont accrédités par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par tout autre organisme d'accréditation signataire de l'accord de reconnaissance multilatéral établi dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation (European Cooperation for Accreditation ou EA) sur la base de la norme NF EN ISO CEI 17020 (Critères généraux pour le fonctionnement des différents types d'organismes procédant à l'inspection) appliquée aux activités visées par le présent décret.

L'organisme agréé porte à la connaissance du ministre chargé des installations classées toute modification des éléments au vu desquels l'agrément a été délivré.

La qualité des prestations des organismes de contrôle périodique peut être évaluée à la demande du ministre chargé des installations classées.
Les agents de l'inspection des installations classées peuvent assister aux visites de contrôle périodique.