L'établissement public est soumis, en matière de gestion financière et comptable, aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il est tenu d'établir ses comptes selon le plan comptable général et, pour ses comptes consolidés, dans les conditions prévues aux articles L. 511-35 à L. 511-38 du code monétaire et financier.
Chaque année, l'établissement public établit pour l'année suivante un budget de l'établissement, ainsi qu'un budget consolidé comprenant :
1° Un compte d'exploitation prévisionnel ;
2° Un budget d'investissements ;
3° Un budget d'interventions ;
4° Un plan de financement, faisant apparaître les dotations publiques et les ressources d'emprunts destinées au financement de l'établissement et de ses filiales.

Les documents mentionnés à l'article 18 sont arrêtés par le conseil d'administration de l'établissement public avant le 31 décembre de l'année précédant l'exercice en cause et peuvent être modifiés en cours d'année selon les mêmes procédures.
Toutefois, en cas de nécessité, le président du conseil d'administration peut procéder à des révisions de ces documents, à condition qu'elles ne comportent pas d'augmentation du montant total des dépenses, ni de transferts entre les différents budgets mentionnés à l'article 18. Il en rend compte au conseil d'administration lors de la première séance qui suit cette décision.

Le conseil d'administration arrête, avant le 31 mars de chaque année, les comptes de l'année écoulée ainsi qu'un rapport d'activité présentant notamment son action en faveur des petites et moyennes entreprises et des entreprises innovantes. Ce rapport est transmis aux ministres chargés de l'économie, de l'industrie, des petites et moyennes entreprises, de la recherche et du budget.

OSEO est présent aux conventions passées par l'Etat avec ses filiales en vue de l'exécution par ces dernières de missions de service public.

Le contrôle des comptes individuels et consolidés d'OSEO est assuré par deux commissaires aux comptes et deux commissaires aux comptes suppléants, désignés par arrêté du ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil d'administration, et après avis de la Commission bancaire et de l'Autorité des marchés financiers. Ils exercent leurs fonctions conformément à la législation en vigueur pour les sociétés anonymes.