Le commissaire du Gouvernement placé auprès de l'établissement public est le directeur général des entreprises du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie.
Le commissaire du Gouvernement a accès aux documents nécessaires à l'exercice de sa mission et peut assister aux réunions de tous comités créés au sein du conseil de surveillance.
Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute délibération du conseil de surveillance à laquelle il était présent ou représenté et y a exprimé des réserves, dans le délai de sept jours suivant la réunion du conseil, ou, s'il n'était ni présent, ni représenté, dans le délai de quinze jours suivant la réception des délibérations.
En cas d'opposition, le conseil de surveillance ne peut statuer à nouveau avant l'expiration d'un délai d'un mois suivant la notification de l'opposition. Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à cette nouvelle délibération dans les dix jours suivant celle-ci.
Les oppositions sont motivées. Les ministres chargés de l'industrie, de l'économie, de la recherche, du budget, de la défense, des transports et de la santé en sont immédiatement informés par le commissaire du Gouvernement.

L'établissement public est soumis au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales prévu par le décret du 9 août 1953 susvisé et au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret du 26 mai 1955 susvisé.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget fixe la liste des conventions qui sont communiquées à l'autorité de tutelle dans les quinze jours qui suivent leur conclusion et précise, le cas échéant, les modalités d'exercice de ces contrôles.