L'agence est soumise au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics à caractère administratif, notamment les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 susvisé et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.
L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé.
Le membre du corps du contrôle général économique et financier exerce ses missions selon des modalités fixées en tant que de besoin par arrêté du ministre chargé des mines et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé des mines et du ministre chargé du budget. Il est mis fin à ses fonctions dans les mêmes conditions.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les recettes de l'agence comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations de toutes personnes physiques ou morales ;
2° Les dons et legs au profit de l'établissement ;
3° Le produit des emprunts ;
4° Les revenus des biens meubles ou immeubles, fonds et valeurs, ainsi que le produit de leur aliénation ;
5° Toutes autres recettes autorisées par les lois et les règlements.

Les dépenses de l'agence comprennent :
1° La rémunération de ses personnels titulaires et contractuels ;
2° Les charges afférant à son fonctionnement et son équipement ainsi que, d'une manière générale, celles nécessaires à son activité.