L'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les recettes de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire comprennent :

- les subventions, avances, fonds de concours ou participations de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités territoriales, des établissements publics ou de toutes autres personnes physiques ou morales ;

- les revenus des biens meubles et immeubles, fonds et valeurs ;

- les dons et legs faits au profit de l'établissement ;

- les produits de la vente des publications et documents de formation élaborés ou diffusés par l'école ;

- les produits de conventions et contrats portant notamment sur les travaux, études ou recherches effectués par l'école ;

- les produits de conventions et contrats portant sur la formation des partenaires du service public pénitentiaire ou sur la formation d'auditeurs étrangers exerçant ou ayant vocation à exercer une mission pénitentiaire ;

- les contributions de personnes publiques ou privées versées en contrepartie de prestations de services fournies par l'école ;

- les produits financiers ;

- les contributions aux frais de restauration et d'hébergement ou à tous autres frais des personnes séjournant à l'école ;

- ainsi que toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire comprennent :

- les frais de rémunération des personnels titulaires et contractuels ;

- les frais de vacations ;

- les acquisitions des biens immobiliers ;

- les baux et locations d'immeubles ;

- les frais de fonctionnement et les frais d'équipement et, d'une manière générale, tous ceux qui sont nécessaires à son activité.