Le contrôle financier de l'Etat sur l'agence s'exerce dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat.
Le chef de la mission de contrôle général économique et financier auprès des organismes d'intervention de l'agriculture et de la pêche est chargé du contrôle financier de l'agence.
Le membre du corps du contrôle général économique et financier ou son délégué doit revêtir de son visa préalable tous les actes du directeur portant attribution de fonds, à l'exception des décisions prises en application d'actes de portée générale ayant expressément prévu cette dérogation. Le visa du membre du corps du contrôle général économique et financier doit être donné ou refusé dans les deux jours ouvrables qui suivent la communication des documents.