L'établissement est doté de commissions thématiques interfilières qui sont chargées d'informer les pouvoirs publics et les filières sur les évolutions économiques structurelles non spécifiques à l'une d'entre elles, par une concertation interfilières associant notamment les représentants des filières et des pouvoirs publics.
L'une de ces commissions est consacrée à la bioéconomie.

Les missions et la composition de chaque commission thématique interfilière sont définies par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Toutefois, les missions et la composition de la commission thématique interfilière consacrée à la bioéconomie sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la forêt, de l'énergie et de l'environnement. L'établissement assure conjointement avec l'établissement mentionné à l'article L. 131-3 du code de l'environnement le secrétariat de cette commission.

Le président et le cas échéant le vice-président de chaque commission thématique interfilière sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, parmi ses membres, sur proposition de cette commission.
Les membres de commissions thématiques interfilières autres que les représentants de l'Etat sont nommés par décision du directeur général de l'établissement.
Toutefois, les membres, le président et le cas échéant le vice-président de la commission thématique interfilière consacrée à la bioéconomie sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la forêt, de l'énergie et de l'environnement.