Tout travail ou toute utilisation du sol de nature à détruire un élément protégé au titre de l'article L. 126-3 doit, préalablement à toute exécution, être autorisé par le préfet. La demande d'autorisation qui précise l'implantation, la nature et les caractéristiques des végétaux concernés est accompagnée des pièces définies par arrêté du ministre de l'agriculture.
Dans le cas où ces éléments végétaux ont été identifiés par la commission communale d'aménagement foncier en application de l'article L. 123-8 (6°), le préfet transmet la demande pour avis à la commission départementale d'aménagement foncier qui se prononce dans un délai de trois mois ; si à l'expiration de ce délai la commission ne s'est pas prononcée, son avis est réputé favorable.
Le préfet statue sur la demande d'autorisation en tenant compte des intérêts mentionnés à l'article R. 126-33. Le silence gardé pendant plus de cinq mois à compter de la demande vaut décision d'autorisation.