Lorsqu'une zone faisant l'objet de chartes intercommunales constitue un territoire à l'équilibre fragile et au patrimoine naturel et culturel riche, elle peut, à l'initiative de la région et avec l'accord des départements et des communes concernés, être classée en parc naturel régional, dans des conditions fixées par décret. Dans ce cas, l'acte constitutif du parc naturel régional prévoit les voies et moyens propres à réaliser ses objectifs et le statut de l'organisme chargé de sa gestion.

Les chartes peuvent servir de base à des conventions avec le département, la région ou l'Etat pour la réalisation des projets et programmes qu'elles ont définis. En zone rurale, les chartes intercommunales se substituent aux plans d'aménagement rural.

Lorsqu'une charte intercommunale de développement et d'aménagement a prévu pour certaines zones l'application des procédures prévues aux articles L. 121-2 et L. 126-1, le préfet met en oeuvre celles-ci après consultation des communes concernées.