Pour percevoir une indemnité, l'agent bénéficiaire d'un congé de formation professionnelle doit en adresser la demande à l'organisme paritaire collecteur agréé.
Celui-ci définit les règles relatives à la prise en charge et au règlement des dépenses afférentes aux frais pédagogiques, de transport et d'hébergement occasionnés par le congé.