Les charges de l'Office sont acquittées dans les conditions fixées à l'article 207 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962.
Certaines dépenses peuvent être réglées, pour le compte de l'agent comptable de l'Office, par les comptables du Trésor dans les conditions précisées par arrêté du ministre chargé du budget, sur proposition du directeur général de l'Office.

Les modalités de création et de fonctionnement des régies de dépenses et de recettes sont fixées par arrêté du ministre chargé du budget, sur proposition du directeur général de l'Office, conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992.

L'Office gère librement sa trésorerie.
Les fonds disponibles sont répartis à la diligence de l'agent comptable sur les comptes ouverts à son nom au Trésor public et dans le réseau bancaire en fonction des besoins et des orientations de gestion arrêtées par le directeur général de l'Office.