L'organisation générale de l'ensemble des stations de pilotage est fixée par décret pris sur le rapport du ministre des ports maritimes.
Dans chaque station, les dispositions concernant les limites de la zone où le pilotage est obligatoire, l'effectif des pilotes, la composition des biens nécessaires à l'exécution du service, les tarifs et les indemnités de pilotage sont déterminés par le règlement local. Celui-ci est établi par le préfet de région, après avoir recueilli l'avis de l'assemblée commerciale mentionnée à l'article R. 5341-48.

L'assemblée commerciale est chargée de donner au préfet de région un avis motivé sur les aspects économiques du pilotage, notamment sur les conditions de service et les tarifs.
Elle est instituée pour chaque port maritime de commerce.
Il peut être constitué une assemblée unique couvrant plusieurs ports.

L'assemblée commerciale comprend les membres suivants avec voix délibérative :
1° Deux représentants des armateurs ;
2° Deux représentants des autres usagers du port ;
3° Deux pilotes servant le port concerné ;
4° Deux représentants de l'entité portuaire, à savoir :
a) Dans les grands ports maritimes, deux représentants du conseil de surveillance ;
b) Dans les ports autonomes, deux représentants du conseil d'administration ;
c) Dans les autres ports, un représentant du délégataire chargé de la gestion des principaux équipements portuaires et un représentant de l'autorité portuaire, ou, en l'absence de délégataire, deux représentants de l'autorité portuaire.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Sont membres de l'assemblée commerciale avec voix consultative :
1° Le directeur départemental des territoires et de la mer ou son représentant ;
2° Dans les grands ports maritimes, le président du directoire du grand port maritime ou son représentant ;
3° Dans les ports autonomes, le directeur du port autonome ou son représentant.
Assistent aux séances de l'assemblée commerciale avec voix consultative :
1° Lorsque l'ordre du jour porte sur l'examen des limites de la zone de pilotage obligatoire, le préfet maritime ou, dans les départements d'outre-mer, le préfet délégué du Gouvernement pour l'action de l'Etat en mer, ou leur représentant ;
2° Lorsque l'ordre du jour comprend l'examen des tarifs, le directeur départemental de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ou son représentant.
L'assemblée commerciale peut entendre toute personne propre à éclairer ses délibérations.

Les membres ayant voix délibérative sont nommés pour trois ans par le préfet de la région dans laquelle sont situées les principales installations du port, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé des ports maritimes. Un suppléant est nommé dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres.
Lorsqu'un membre décède, démissionne ou perd la qualité pour laquelle il était désigné, il est remplacé, pour la durée du mandat restant à courir, par un membre désigné dans les mêmes conditions.
Le mandat de membre de l'assemblée commerciale est renouvelable. Ces fonctions sont gratuites. Toutefois, les membres de la commission peuvent être remboursés de leurs frais de transport et de séjour dans les conditions applicables aux fonctionnaires de l'Etat pour leurs déplacements temporaires.
Le président de l'assemblée commerciale est élu, pour la durée du mandat, parmi les membres avec voix délibérative, à la majorité des deux tiers des membres composant l'assemblée, lors de la première séance, laquelle est mise en place par le préfet de région ou son représentant.

Compte tenu des conditions locales, le préfet de la région dans laquelle se situe le siège de la station peut, après avoir recueilli l'avis favorable des assemblées commerciales concernées, procéder au regroupement de plusieurs assemblées commerciales. Le préfet de région arrête la liste des membres de la nouvelle assemblée.
Dans le cas d'un regroupement, la composition doit comprendre un nombre égal de membres avec voix délibérative, pour chacune des quatre catégories mentionnées à l'article R. 5341-49, avec un maximum de quatre membres par catégorie. Les membres ayant voix consultative ou leurs représentants assistent aux réunions de l'assemblée commerciale pour les affaires inscrites à l'ordre du jour relevant de leur compétence. Les assemblées uniques communes à plusieurs ports sont soumises aux dispositions du présent alinéa.

Un arrêté du ministre chargé des ports maritimes fixe les conditions d'organisation et de fonctionnement des assemblées commerciales.

Le fonctionnement des stations de pilotage est exercé sous la tutelle du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci peut imposer aux stations des règles adaptées du plan comptable général.
Les stations sont tenues d'adresser au préfet de région les informations nécessaires à l'exercice des pouvoirs conférés à cette autorité par l'article R. 5341-47. Elles font également parvenir à cette autorité l'état des investissements en biens meubles et immeubles nécessaires à l'exécution du service un mois avant que le budget de la station ne soit arrêté.

Un règlement intérieur détermine les détails de fonctionnement du service dans chaque station. Il est pris par le préfet de région, après consultation du chef de pilotage et des pilotes.

Sauf les exceptions prévues par les règlements locaux, les rémunérations sont mises en commun dans les stations où le service se fait au tour de liste. Un règlement intérieur, arrêté d'accord avec les intéressés, fixe les conditions dans lesquelles sont réparties aux ayants droit les recettes du pilotage.