Dans les stations de pilotage des ports civils, la direction du service du pilotage est exercée par le chef du pilotage.
Le chef du pilotage est, par principe, le président du syndicat des pilotes de la station, selon des modalités déterminées par le règlement local ou le règlement intérieur de la station. Cependant, à titre exceptionnel, une personne n'occupant pas les fonctions de président du syndicat des pilotes peut être nommée chef du pilotage par arrêté du préfet du département où se situe le siège de la station de pilotage.
Dans ce dernier cas, le chef du pilotage est nommé parmi les pilotes en retraite ou en activité, ayant au moins dix ans d'exercice dans leurs fonctions, ou, à défaut, parmi les capitaines de la marine marchande réunissant au minimum quatre ans de commandement ou les officiers de marine en retraite ou démissionnaires depuis moins de cinq ans. Il est âgé de quarante ans au moins et de cinquante-cinq ans au plus à la date de sa nomination.

Dans les stations de pilotage des ports militaires, la direction du service du pilotage est exercée par le directeur des mouvements du port.

La limite d'âge maximum est fixée à soixante-cinq ans pour les chefs de service de pilotage.

Dans les stations où il existe un chef du service du pilotage, son autorité s'exerce sur tous les détails du service. Il assure l'application des règlements, l'organisation intérieure, la répartition du travail entre les pilotes, il dirige le personnel, il règle le tour de service, autorise les absences. Il veille sur la composition, l'entretien et l'emploi du matériel de la station.
Il rend compte au directeur départemental des territoires et de la mer de tous les incidents relatifs au service. Il lui transmet d'urgence, avec son avis, les rapports des pilotes relatifs aux accidents de mer et lui signale les fautes d'ordre professionnel commises par les pilotes.
Il vérifie et vise les bons de pilotage et contrôle les services qui y sont mentionnés.
Il prend, en tant que de besoin et, s'il y a lieu, d'accord avec les pilotes, toutes les mesures conservatoires utiles dans l'intérêt de la station.