Les organismes mentionnés à l'article L. 5123-3 sont agréés par le ministre chargé de la marine marchande qui procède à la publication de la liste de ces organismes établie par arrêté.

Pour être agréé, un organisme doit, s'il n'y est pas établi, avoir un représentant légal sur le territoire national, doté de la personnalité juridique au regard du droit français.

Un organisme ne peut demander la délivrance de l'agrément, s'il ne justifie pas de sa compétence et de sa capacité sur le plan technique et administratif et ne dispose pas d'un personnel technique, de gestion et d'appui adéquat et réparti de sorte à assurer une couverture géographique appropriée.

Saisi d'une demande de délivrance de l'agrément, le ministre chargé de la marine marchande examine la compétence et l'indépendance de l'organisme intéressé et apprécie si celui-ci possède l'expertise correspondant aux exigences des instruments juridiques internationaux pour lesquels l'agrément est demandé et peut, par sa taille, sa structure, son expérience et ses moyens, répondre aux exigences de cet agrément, dont les conditions d'octroi sont précisées par arrêté du même ministre.
Le ministre vérifie, en outre, si l'organisme peut satisfaire aux exigences relatives aux conflits d'intérêts et à la confidentialité des informations et aux exigences de procédures internes de qualité correspondant à des normes de qualité internationalement reconnues.

La délivrance de l'agrément entraîne la soumission de l'organisme concerné à des contrôles et audits périodiques diligentés par le ministre chargé de la marine marchande.

L'organisme agréé élabore un règlement encadrant l'exercice de ses missions, qu'il dépose auprès du ministre chargé de la marine marchande. Il notifie les amendements qu'il apporte à ce règlement.
Il met en œuvre un système de registre et d'archivage assurant la traçabilité des certificats et justifiant que les missions sont effectuées dans le respect de la réglementation et des règles établies.
Il communique annuellement au même ministre les résultats des vérifications effectuées dans le cadre de son système de qualité.

L'organisme agréé peut à tout moment faire l'objet d'investigations conduites sur place par les personnes désignées à cet effet par le ministre chargé de la marine marchande destinées à vérifier s'il satisfait aux conditions de la présente section.
Il est, en outre, tenu de se soumettre, au moins une fois tous les deux ans, à un audit de vérification de ses procédures internes sur son lieu d'implantation et, le cas échéant, dans tout autre site où il exerce ses activités. A cet effet, il présente aux auditeurs son système de documentation ainsi que les instructions, règles, circulaires, directives internes ou tous autres renseignements de nature à démontrer que les opérations liées à la délivrance des certificats sont conformes au règlement qu'il élabore conformément à l'article R. 5123-11.

L'organisme agréé fournit mensuellement la liste des certificats délivrés, refusés ou retirés, accompagnés des données figurant sur les certificats.

L'organisme agréé signale sans délai au ministre chargé de la marine marchande tout navire sous pavillon français inscrit à son registre qui n'est pas, à sa connaissance, en conformité avec les exigences résultant d'un instrument juridique international, notamment lorsque le certificat a été retiré, lorsqu'il n'a pu émettre un certificat ou constate, dans le cadre d'une visite qu'il effectue, que le navire ne dispose pas, à bord, du certificat.