Un comité, dénommé “ comité ministériel de transaction ”, institué auprès de chaque ministre, est saisi pour avis du principe du recours à la transaction et de son montant. A cette fin, il procède à l'examen de la contestation née ou à naître, s'assure du respect des normes applicables et se prononce sur la pertinence du projet qui lui est soumis.
Toutefois, un comité unique peut être institué auprès de plusieurs ministres ayant sous leur autorité un même secrétariat général.