La Conférence nationale de santé organise ses travaux au sein des formations suivantes pour répondre aux saisines institutionnelles ou autosaisines inscrites dans le programme de travail de l'instance :

- en assemblée plénière ;

- en commission permanente et de suivi des recommandations ;

- en commission spécialisée dans le domaine des droits des usagers du système de santé ;

- en commission spécialisée dans le domaine de la lutte contre les maltraitances ;

- en groupes de travail spécifiques.