Pendant la durée légale de son service militaire, l'agent est placé dans une position spéciale dite "sous les drapeaux".
Il perd alors son traitement d'activité et ne perçoit que sa solde militaire.
En cas de mobilisation générale ou de rappel sous les drapeaux, les agents des établissements visés à l'article L. 792 bénéficient des mêmes dispositions que les fonctionnaires de l'Etat, en ce qui concerne leur situation administrative et leurs traitements.

L'agent qui accomplit une période d'instruction obligatoire est mis en congé avec traitement pour la durée de cette période.