L'employeur qui souhaite recruter un salarié doctorant par un contrat doctoral de droit privé prévu à l'article L. 412-3 définit un projet de recherche et diffuse une offre d'emploi aux écoles doctorales intéressées au moins un mois, sauf cas d'urgence, avant la date limite de dépôt des candidatures.
Cette offre d'emploi précise notamment le sujet du projet doctoral, la nature des activités de recherche et des activités complémentaires confiées au salarié doctorant, les compétences attendues, les conditions de réalisation de la thèse et la rémunération envisagée.
La conclusion du contrat doctoral de droit privé est subordonnée à l'accord du directeur de l'école doctorale dans laquelle est inscrit le doctorant, qui sollicite au préalable l'avis du directeur de thèse.
Le renouvellement du contrat intervient dans les mêmes conditions, sur demande motivée du salarié doctorant.
Une convention de collaboration est conclue entre l'employeur, le salarié doctorant, l'établissement d'inscription et, le cas échéant, l'établissement hébergeant l'unité de recherche d'accueil du salarié doctorant.

Les travaux de recherche confiés au salarié doctorant sont réalisés, en tout ou partie, dans une unité ou une équipe de recherche rattachée à l'école doctorale ou dans une unité de recherche de l'employeur. Leur nature et leur durée peuvent être modifiées par avenant à la convention prévue à l'article R. 412-13.
L'employeur peut, dans le cadre du contrat doctoral de droit privé, assurer la prise en charge des frais d'inscription du doctorant.

Le salarié doctorant remet chaque année à l'employeur une attestation d'inscription en doctorat, au plus tard le 31 décembre.
En cas de non-renouvellement de son inscription par son établissement d'origine, le salarié doctorant qui souhaite poursuivre son contrat doctoral doit s'inscrire dans un nouvel établissement d'enseignement supérieur français, en vue d'obtenir la délivrance d'un diplôme de doctorat, et attester de cette nouvelle inscription auprès de son employeur.
En cas de rupture du contrat doctoral, l'employeur informe immédiatement l'école doctorale.

Le salarié doctorant transmet à son employeur l'attestation prévue au deuxième alinéa de l'article R. 412-15 dans un délai de trois mois à compter de la notification de la décision de non-renouvellement de son inscription par son établissement d'origine.

La convention prévue à l'article R. 412-13 définit notamment les modalités suivant lesquelles les parties collaborent afin de garantir l'encadrement scientifique du salarié doctorant, sa formation, ainsi que la réalisation et le suivi du projet de recherche. Elle est signée par toutes les parties, au plus tard au moment de la conclusion du contrat de travail, et est annexée à celui-ci.
La convention mentionne notamment :
1° Le sujet de thèse ;
2° Le nom du ou des directeurs de thèse ;
3° Le nom et la qualité du référent prévu à l'article R. 412-18 ;
4° La ou les unités de recherche d'accueil du salarié doctorant ;
5° Les conditions matérielles de réalisation du projet de recherche et les temps de présence chez l'employeur, au sein de la ou des unités de recherche d'accueil du salarié doctorant ;
6° Les modalités de rédaction de la thèse définies conformément à l'article R. 412-19 ;
7° Le cas échéant, les activités complémentaires du salarié doctorant ;
8° Les modalités selon lesquelles le salarié doctorant participe aux échanges scientifiques et formations organisés par l'établissement d'inscription ou, le cas échéant, à d'autres activités, conformément aux dispositions de l'article R. 412-20 ;
9° Les conditions de collaboration, d'échange, de partage, de diffusion et d'exploitation des résultats des recherches, conformément aux dispositions de l'article R. 412-21, ainsi que les conditions relatives au dépôt et à la diffusion de la thèse ;
10° Les conditions d'échange et de partage des connaissances antérieures des parties en lien avec le sujet de thèse ;
11° Les modalités de composition, d'organisation et de fonctionnement du comité de suivi individuel du doctorant fixées par le conseil de l'école doctorale ;
12° Les modalités de rupture anticipée de la convention.

L'employeur désigne un référent chargé d'accompagner le salarié doctorant dans la conduite de ses travaux de recherche au sein de l'entreprise. Ce référent justifie de compétences professionnelles en rapport avec l'activité de recherche confiée au salarié doctorant. Il est notamment chargé :
1° D'accueillir, aider, informer et guider le salarié doctorant dans son environnement professionnel ;
2° De contribuer à l'acquisition de savoir-faire professionnels, en lien avec l'activité de recherche ;
3° D'assurer le suivi technique et scientifique de l'activité de recherche au sein de l'entreprise ou de l'établissement en collaboration avec le directeur de thèse.
L'employeur laisse au référent le temps nécessaire pour exercer ses fonctions et, le cas échéant, se former.

L'employeur et l'établissement d'inscription veillent, en collaboration avec l'unité de recherche d'accueil du salarié doctorant, à adapter les conditions de rédaction de la thèse pour garantir le bon déroulement des travaux de recherche et de préparation de la thèse.
L'employeur et l'établissement d'inscription s'assurent que le salarié doctorant bénéficie :
1° Du temps de travail nécessaire à la rédaction de la thèse ;
2° D'un accès aux ressources numériques ;
3° D'un environnement de travail adapté à la rédaction de la thèse ;
4° D'un calendrier prévisionnel de rédaction comportant des points d'étape réguliers avec le directeur de thèse et le référent prévu à l'article R. 412-18.

Le salarié doctorant participe aux échanges scientifiques et aux formations organisés par l'établissement d'inscription utiles à l'accomplissement de l'ensemble de ses missions et destinés à conforter sa culture scientifique et à favoriser une ouverture internationale, ainsi qu'à toute autre activité accessoire, dans le respect des stipulations du contrat de travail.

Dans le cas où les activités du doctorant donnent lieu à la création d'une œuvre protégée par le droit d'auteur ou la propriété industrielle, les règles applicables en matière de propriété des résultats sont celles prévues aux articles L. 111-1, L. 113-9, L. 113-9-1, L. 611-7 et suivants du code de la propriété intellectuelle.