Le conseil scientifique du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement comprend :
1° Dix personnalités scientifiques françaises ou étrangères, dont huit au moins sont extérieures à l'établissement, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du développement international.
Le président du conseil scientifique est nommé dans les mêmes conditions parmi ces personnalités ;
2° Cinq membres élus par les personnels du centre dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du développement international.
Le mandat des membres du conseil scientifique est d'une durée de trois ans renouvelable.
Le conseil scientifique est consulté sur les programmes de recherche et d'études du centre. Il donne son avis sur leur contenu et leurs modalités d'exécution. Il peut formuler toute proposition concernant l'orientation des recherches. Il donne son avis sur la création ou la suppression des départements scientifiques. Il s'appuie sur les évaluations réalisées par le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. Il établit un rapport annuel qui est présenté au conseil d'administration.
Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président ou à la demande du président du conseil d'administration.

Le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement est organisé en départements scientifiques créés par le conseil d'administration après avis du conseil scientifique.

Un comité de programme est placé auprès de chaque responsable de département scientifique, pour le conseiller et l'assister dans la préparation et la mise en œuvre des activités du département scientifique.
La composition et les modalités de fonctionnement des comités de programme sont fixées par le conseil d'administration. Ces comités comprennent, dans la proportion du tiers de leurs membres, des représentants élus des personnels. Ils comprennent des personnes physiques ou des représentants de personnes morales, françaises ou étrangères, avec lesquelles le département scientifique est amené à collaborer.