Le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement est administré par un conseil d'administration.
Le président du conseil d'administration assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un conseil scientifique. Il peut désigner un ou de plusieurs directeurs généraux délégués et un secrétaire général.

Le conseil d'administration du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement comprend :
1° Cinq membres nominativement désignés par les ministres chargés de la recherche, du développement international, du budget, de l'agriculture et de l'outre-mer ou leur suppléant désigné dans les mêmes conditions ;
2° Le président de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, ou son représentant, et six personnalités extérieures au centre, choisies en raison de leur compétence dans le domaine de la recherche et de la coopération pour le développement, nommées par décret sur proposition du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du développement international ;
3° Six membres élus par les personnels du centre.
Le président du conseil d'administration est nommé parmi ses membres, sur proposition du conseil d'administration et sur le rapport du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé du développement international.
La durée des fonctions de membre du conseil d'administration est de cinq ans.
Les membres du conseil d'administration, à l'exception du président, exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Les directeurs généraux délégués, l'autorité chargée du contrôle économique et financier et le secrétaire général assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Le président du conseil d'administration peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les administrateurs décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été nommés ou élus sont remplacés. Dans ce cas le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.

Le conseil d'administration détermine les grandes orientations du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement.
Il délibère sur :
1° L'organisation et les conditions générales de fonctionnement de l'établissement ;
2° Le programme d'activité du centre et les modalités générales de ses interventions ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le rapport annuel d'activité ;
5° Les comptes de l'établissement et l'affectation des résultats de l'exercice ;
6° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération des personnels ;
7° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés et les conditions dans lesquelles des dépenses peuvent être préfinancées avant la signature ou l'exécution d'un contrat ;
8° Les projets de contrats et marchés ;
9° La participation du centre à des groupements d'intérêt public ;
10° La participation du centre à des groupements d'intérêt économique, la création de filiales et les prises, cessions ou extensions de participations financières ;
11° La création, l'acquisition ou la suppression de toute installation agricole, industrielle ou commerciale ;
12° Les emprunts ;
13° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
14° Les acquisitions et aliénations d'immeubles ;
15° Les actions en justice et les transactions ;
16° Le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats passés avec des organismes étrangers.
Dans les limites qu'il détermine, le conseil d'administration peut déléguer au président du conseil d'administration les attributions prévues aux 8°, 9°, 14°, 15° et 16°. Le président du conseil d'administration rend compte, lors de la plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de ces délégations.

Les délibérations du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement autres que celles mentionnées au deuxième alinéa sont exécutoires quinze jours après la date de leur réception par les ministres chargés de la tutelle de l'établissement, à moins que l'un d'entre eux n'y fasse opposition.
Les délibérations portant sur les matières énumérées aux 3°, 5°, 6°, 7°, 10°, 12° et 14° de l'article R. 334-6 sont exécutoires un mois après leur réception, sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé du développement international ou du ministre chargé du budget et, en ce qui concerne le 10°, du ministre chargé de l'économie et des finances.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Le président réunit le conseil à la demande des ministres chargés de la tutelle de l'établissement ou de la majorité de ses membres.
Les membres absents peuvent donner pouvoir à un autre membre pour les représenter à une séance. Aucun membre ne peut exercer plus d'un pouvoir.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations du conseil sont prises à la majorité des membres participant à la délibération dans les conditions prévues aux deuxième et troisième alinéas. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le président du conseil d'administration peut appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.

Le président du conseil d'administration est responsable de la politique générale du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement. Il veille à l'accomplissement de ses missions et à la coordination de ses actions avec celles des organismes œuvrant dans son domaine de compétence.
Il représente le centre dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers, en France et hors de France.
Il nomme le ou les directeurs généraux délégués et le secrétaire général.
Il assure la direction scientifique administrative et financière du centre. A ce titre :
1° Il élabore les projets de programmes généraux de recherche et de développement avec le concours du conseil scientifique ;
2° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
3° Il est l'ordonnateur principal des recettes et des dépenses. Il peut nommer des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature ;
4° Il recrute, gère et licencie le personnel ;
5° Il passe tous actes, contrats ou marchés et procède à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevets ou licences.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués, au secrétaire général ainsi qu'à des agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique au sein de l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Les directeurs généraux délégués ainsi que ces agents peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer sa signature.
La rémunération et les indemnités du président sont fixées par décision conjointe du ministre chargé du budget et des ministres exerçant la tutelle de l'établissement.