Le BRGM dispose des ressources suivantes :
1° Dotations et subventions de l'Etat ;
2° Remboursement des avances consenties par le BRGM et produit des participations du BRGM prévues à l'article R. 333-19 ;
3° Produit de cessions d'actifs à des tiers ou de travaux exécutés pour le compte de ceux-ci ;
4° Subventions des établissements publics et des collectivités territoriales pour la réalisation des missions mentionnées à l'article R. 333-14 ;
5° Dons, legs et produits divers.

Le BRGM est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 183,204 à 208 et 220 à 228.

Les immeubles appartenant à l'Etat, nécessaires à l'exercice des missions du BRGM, peuvent lui être attribués, à titre de dotation, par arrêté des ministres chargés du domaine et des mines et, le cas échéant, du ministre chargé de l'environnement.
L'arrêté fixe la liste des immeubles et les conditions de leur attribution.
L'établissement en assure la gestion.

Le BRGM est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions fixées par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.

Un contrôle sur les opérations du BRGM ressortissant aux compétences des ministres de tutelle peut être exercé par les services d'inspection relevant de leur autorité. Les ministres exerçant la tutelle du BRGM et le ministre chargé du budget sont informés de l'envoi de ces missions et de leurs conclusions.