Les établissements publics de recherche ont soit un caractère industriel et commercial, soit un caractère administratif. Les établissements publics à caractère scientifique et technologique ont un caractère administratif.

Les dirigeants des établissements publics à caractère scientifique et technologique et le directeur général de l'Agence nationale de la recherche sont choisis après un appel public à candidatures et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés par les statuts de l'établissement et dont les membres sont nommés par les ministres de tutelle.

Tout établissement public de recherche conclut avec l'Etat un contrat pluriannuel qui définit, pour l'ensemble de ses activités, les objectifs de l'établissement ainsi que les engagements réciproques des parties. Le contrat prévoit notamment les objectifs de l'établissement relatifs à ses coopérations avec les établissements publics d'enseignement supérieur et à l'inscription de ses activités dans les sites universitaires.

Les établissements rendent compte de l'exécution de leurs engagements et de l'atteinte des objectifs prévus dans le contrat au moins une fois tous les deux ans.

L'exécution du contrat fait l'objet d'une évaluation. L'Etat tient compte des résultats de l'évaluation pour déterminer les engagements financiers qu'il prend envers l'établissement dans le cadre du contrat pluriannuel.

Les établissements publient chaque année, au titre du personnel qu'ils emploient, l'ensemble des indicateurs relatifs à l'égalité des chances entre les femmes et les hommes et aux actions mises en œuvre pour réduire les inégalités, selon des modalités et une méthodologie définies par décret.

Les établissements publics de recherche sont autorisés à transiger au sens de l'article 2044 du code civil, dans des conditions fixées par décret.

Un établissement ou un organisme public ou privé concourant aux missions du service public de la recherche peut être rattaché à un établissement public à caractère scientifique et technologique ou à un établissement public à caractère industriel ou commercial ayant une mission de recherche, par décret, sur sa demande et sur proposition du ou des établissements auxquels ce rattachement est demandé.

En cas de rattachement, les établissements conservent leur personnalité morale et leur autonomie financière.

En l'absence de dispositions particulières prévues par les textes réglementaires régissant l'établissement ou ses personnels, la limite d'âge des présidents, des directeurs et des personnes qui, quel que soit leur titre, exercent la fonction de chef d'établissement des établissements publics de recherche est fixée à soixante-huit ans.