Le service du commissariat des armées assure le recrutement, la formation, la gestion et l'administration des militaires d'active et de réserve du corps des commissaires des armées ainsi que ceux du corps des maîtres ouvriers des armées. Il exerce les mêmes attributions pour les officiers sous contrat et les volontaires dans les armées rattachés au corps des commissaires des armées. Il assure la programmation et le suivi des effectifs et de la masse salariale correspondants.

Il est chargé de définir les besoins en formation du personnel qui lui est affecté. Il propose les objectifs et modalités de formation du personnel des armées et des services de soutien dans les domaines de l'administration générale et des soutiens communs. Il assure ou fait assurer les actions de formation correspondantes.

Le service du commissariat des armées assure également la gestion et l'administration des aumôniers militaires d'active et de réserve.