La sous-direction des ports définit les orientations de la politique relative aux ports dans un objectif de développement de la compétitivité, de transition écologique et de multi-modalité.
Elle exerce la tutelle des ports relevant de l'Etat.
Elle programme et gère les opérations contractualisées d'infrastructures des ports relevant de l'Etat.
Elle élabore et met en œuvre les réglementations relatives aux ports notamment la gouvernance, la domanialité publique, la police de la conservation du domaine, la règlementation générale de la police portant sur les quais et terre-pleins ainsi que les obligations portant sur le dépôt des déchets des navires.
Elle réglemente et régule l'activité économique des ports, l'usage des infrastructures et des services portuaires.
Elle contribue à l'élaboration et la mise en œuvre de la règlementation environnementale applicable aux ports.
Elle élabore la réglementation relative à la sécurité et la sûreté des ports ainsi que du transport fluvial, s'assure de sa mise en œuvre et promeut les bonnes pratiques pour la cybersécurité des ports.
Elle assure la maîtrise d'ouvrage des applications nationales de sûreté portuaire.