L'association est gérée par un conseil d'administration dont le nombre de membres ne peut être inférieur à sept ni supérieur à quinze membres.
Le conseil d'administration reflète la composition de l'assemblée générale s'agissant de l'égal accès des hommes et des femmes dans cette instance.

Les membres du conseil d'administration sont élus par les membres actifs de l'association lors d'une assemblée générale réunie à cette fin.

Sont membres actifs les adhérents à qui l'association a délivré une carte "personne majeure", une carte "personne mineure" ou toute carte promotionnelle annuelle éditée par la fédération nationale donnant lieu au paiement de la cotisation pêche et milieux aquatiques et la redevance pour protection du milieu aquatique prévue à l'article L. 213-10-12 du code de l'environnement.

Tout membre actif peut être candidat au conseil d'administration sous réserve d'avoir acquitté la cotisation de l'année en cours et de l'année précédente. Cette disposition ne s'applique pas en cas de création d'une nouvelle association.

L'élection a lieu à bulletins secrets. Sont élus les candidats ayant réuni le plus de suffrages. En cas d'égalité des suffrages, il est procédé à un tirage au sort.

Les membres du conseil d'administration ne peuvent être ni salariés de l'association ni chargés de son contrôle.

Sauf cas de création d'une nouvelle association, le mandat des membres du conseil d'administration s'exerce du 1er janvier précédant la date d'expiration des baux de pêche consentis par l'Etat sur le domaine public au 31 décembre précédant l'expiration des baux suivants.

Il est procédé à une élection complémentaire si, avant les six derniers mois de l'échéance du mandat, le nombre des membres du conseil d'administration devient inférieur à sept.
Le mandat des administrateurs ainsi élus expire à l'échéance normale.

Les membres du conseil d'administration répondent solidairement de l'exécution de leur mandat.

Le conseil d'administration peut s'adjoindre, à titre consultatif, des commissions de travail et des conseillers juridiques, scientifiques et techniques.

L'association ne peut effectuer d'actes de commerce avec les membres du conseil d'administration et leur famille.

Le conseil d'administration se réunit au moins quatre fois par an sur convocation de son président. Les décisions sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, un membre du conseil ne pouvant disposer que d'un seul pouvoir en plus de sa voix. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
La présence effective de la moitié au moins des membres du conseil d'administration est nécessaire pour la validité des délibérations.
Est réputé démissionnaire tout administrateur ayant trois absences consécutives sans motif valable.

Le conseil d'administration définit les principales orientations de l'association et prend toutes décisions relevant de son programme établi conformément aux objectifs définis dans les présents statuts.
Il pourvoit à l'administration, gère les éléments d'actif, traite avec les tiers, engage valablement l'association vis-à-vis d'eux.
Il arrête les comptes de l'exercice écoulé et vote le budget.
Il délibère sur toutes les questions et prend toutes décisions hormis celles relevant de la compétence de l'assemblée générale.
Il décide de la création des postes et emplois salariés à pourvoir ainsi que leur suppression éventuelle.
Il décide des réunions statutaires.