Après la clôture des scrutins, les opérations d'émargement et de dépouillement des votes sont traitées informatiquement par la CRPCEN.

Dès la clôture du scrutin, le contenu de l'urne électronique, les listes d'émargement et les états courants gérés par les serveurs sont figés, horodatés et scellés automatiquement sur l'ensemble des serveurs, dans des conditions garantissant la conservation des données.

Après avoir procédé à la vérification de l'intégrité du système de vote et reçu les conclusions des experts précisant que la solution de vote n'a fait l'objet d'aucune altération, les membres du bureau du vote qui détiennent les clés de chiffrement procèdent publiquement à l'ouverture de l'urne électronique en descellant le système de vote puis en activant les clés de chiffrement.
La présence du directeur de la CRPCEN ou de son représentant, du président du bureau de vote ou de son suppléant et d'un huissier de justice sont indispensables pour procéder au dépouillement des suffrages exprimés.
Les opérations de dépouillement des suffrages peuvent être engagées à l'aide de deux clés de chiffrement.
Le dépouillement ne peut commencer qu'après accomplissement des formalités requises.
Le bureau de vote contrôle, avant le dépouillement, le scellement du système.
Le décompte des voix obtenues par chaque candidat ou liste de candidats apparaît lisiblement à l'écran et fait l'objet d'une édition sécurisée afin d'être porté au procès-verbal.
Le bureau de vote contrôle que la somme des suffrages exprimés correspond au nombre de votants de la liste d'émargement.
Le système de vote électronique par internet est scellé après la décision de clôture du dépouillement prise par le président du bureau de vote.
Le scellement interdit toute reprise ou modification des résultats.
L'ensemble des informations nécessaires à un éventuel contrôle a posteriori doit être recueilli lors de cette phase.

Dès la clôture du vote, la liste d'émargement est éditée.

La CRPCEN conserve sous scellés, pendant un délai de deux ans et dans les conditions fixées aux articles L. 212-2 et L. 212-3 du code du patrimoine et au 5° de l'article 4 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée, les fichiers supports comprenant la copie des programmes sources et des programmes exécutables, les matériels de vote, les fichiers d'émargement, de résultats et de sauvegarde ainsi que les fichiers qui conservent la trace des interventions sur le système. La procédure de décompte des votes doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
Au terme de ce délai de deux ans ou, si une action contentieuse a été engagée, après l'intervention de la décision juridictionnelle définitive, la CRPCEN procède à la destruction des fichiers supports. Seuls sont conservés les listes de candidats avec déclarations de candidature et professions de foi ainsi que les procès-verbaux de l'élection.

Le procès-verbal du vote, consultable par les électeurs et les candidats jusqu'à l'expiration du délai de recours contentieux, est publié sur le site internet de la CRPCEN.
Les opérations électorales peuvent être contestées devant le tribunal judiciaire de Paris dans un délai de cinq jours à compter de la proclamation des résultats.
Les recours sont formés et jugés dans les formes et délais prévus pour les élections municipales.

La nullité totale ou partielle de l'élection ne peut être prononcée que dans les cas suivants :
1° Si l'élection n'a pas été faite selon les formes prescrites par les dispositions applicables ;
2° Si le scrutin n'a pas été libre ou s'il a été vicié par des manœuvres frauduleuses ;
3° S'il y a incapacité légale dans la personne d'un ou de plusieurs élus.

Tout membre du conseil d'administration de la caisse qui, pour une cause survenue postérieurement à son élection, se trouve frappé d'une incapacité légale est, sur requête du directeur de la CRPCEN déclaré déchu de son mandat par le tribunal judiciaire de Paris.