Les écoles militaires sont conjointement dotées d'un conseil de perfectionnement, d'un conseil d'instruction, d'un conseil de discipline et d'un conseil d'enquête.
Les conseils d'instruction, de discipline et d'enquête sont régis par le décret n° 2008-947 du 12 septembre 2008 susvisé.

Le conseil de perfectionnement est consulté notamment sur les programmes d'admission, sur toute question relative à la formation des administrateurs des affaires maritimes et des officiers du corps technique et administratif des affaires maritimes, ainsi que sur le choix et la mise en œuvre des méthodes pédagogiques.

Le conseil de perfectionnement est présidé par l'inspecteur général des affaires maritimes ou son représentant.
Outre son président, le conseil de perfectionnement est composé de :
1° Le directeur en charge des affaires maritimes ou son représentant ;
2° Le directeur en charge des pêches maritimes ou son représentant ;
3° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
4° Le directeur interrégional de la mer pour la façade nord atlantique, Manche ouest ou son représentant ;
5° Le commandant de l'école navale ou son représentant ;
6° Le directeur départemental des territoires et de la mer de la Loire atlantique ou son représentant ;
7° Le directeur délégué pour la mer et le littoral du Morbihan ou son représentant ;
8° Le chef du département de droit public et des sciences politiques de l'université de Nantes ;
9° Deux personnalités qualifiées du secteur maritime ;
10° Le directeur des écoles militaires ou son représentant ;
11° Un administrateur des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de six ans ;
12° Un officier du corps technique et administratif des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de six ans.

Les membres mentionnés aux 9°, 11° et 12° de l'article 6 sont nommés par décision de l'inspecteur général des affaires maritimes pour une durée de trois ans renouvelables.

Le conseil de perfectionnement se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour.
Les avis sont émis après délibérations du conseil de perfectionnement, pris à la majorité des membres présents ou représentés ; en cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Le secrétariat est assuré par un cadre militaire de l'école.