Les écoles militaires des affaires maritimes sont constituées de l'école d'administration des affaires maritimes et de l'école des officiers du corps technique et administratif des affaires maritimes. Elles ont pour mission de donner aux administrateurs des affaires maritimes, d'une part, et aux officiers du corps technique et administratif, d'autre part, à l'entrée dans le corps, la formation morale, professionnelle et militaire nécessaire à l'exercice de leurs fonctions.
Elles sont chargées d'organiser, pour ces mêmes personnels, en cours de carrière, des sessions ou cycles d'études, notamment dans le cadre de l'enseignement militaire supérieur.

Les écoles sont conjointement dirigées par un officier supérieur du corps des administrateurs des affaires maritimes.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Il propose le règlement général de la scolarité des élèves officiers et officiers stagiaires à l'inspecteur général des affaires maritimes.
Il arrête le contenu et le calendrier des différents cycles annuels de formation.
Il fixe le régime des permissions dans le cadre des cycles annuels de formation.

L'enseignement est assuré par les personnels chargés d'enseignement affectés à l'école nationale de la sécurité et de l'administration de la mer ou par des intervenants extérieurs.
Il donne lieu à des stages et à des embarquements.
L'enseignement peut également être assuré dans d'autres établissements d'enseignement dans le cadre de conventions.