Le département des flottes est chargé d'assurer le maintien en condition opérationnelle des matériels relevant de la compétence de la SIMMAD conformément au besoin opérationnel exprimé par les armées, la gendarmerie nationale et la direction générale de l'armement.
L'ensemble de ces matériels est réparti au sein d'équipes spécialisées. Chacune d'elles est placée sous l'autorité d'un responsable de flotte qui assure la disponibilité de la flotte concernée et la gestion du budget qui lui est alloué à ce titre.
Ce dernier est nommé par le directeur de la SIMMAD.

Le bureau des affaires générales est chargé de la chancellerie et de l'administration du personnel, de la discipline et du service intérieur, de la gestion du budget spécifique de la structure et de la gestion de l'infrastructure.

Le bureau de la qualité interne est chargé :

• de proposer la politique de la qualité interne de la SIMMAD ;
• de s'assurer de sa mise en oeuvre ;
• d'assurer l'audit de qualité interne de la SIMMAD.

Le bureau du contrôle de gestion est chargé :

• d'élaborer les tableaux de bord généraux de la SIMMAD ;
• de préparer, en relation avec les états-majors, les réunions de dialogue et de conseil de gestion ;
• d'animer le contrôle de gestion de la SIMMAD.