La DNRFP comprend :

1° Un échelon central composé notamment de services administratifs et d'un service chargé de coordination de la formation ;
2° Deux établissements :

- l'Ecole nationale des douanes de Tourcoing, qui a plus particulièrement vocation à assurer la formation professionnelle initiale et continue des agents de la catégorie A de la direction générale des douanes et droits indirects ;

- l'Ecole nationale des douanes de La Rochelle, qui a plus particulièrement vocation à assurer la formation professionnelle initiale et continue, tant générale que spécialisée, des agents des catégories B et C de la direction générale des douanes et droits indirects. Elle assure également des missions de soutien de nature nationale pour l'ensemble des services de la direction générale des douanes et droits indirects.

Une décision du directeur général des douanes et droits indirects précise la répartition des formations professionnelles entre les deux établissements.